Bakalářská práce

Nástroje pro specifikaci a analýzu biologických modelů

Tools for specification and analysis of biological models

Jan Láník, učo 255897
Anotace

Pro účely analýzy modelů dynamiky biologických procesů byla vytvořena řada nástrojů využívajících jak tradičních matematických metod, tak i formálních metod pro specifikaci a analýzu modelů. Nástroje se liší ve způsobu zápisu modelů, podporovaných analyzačních technikách a výkonnosti z pohledu rychlosti zpracování a dimenzionality modelu. Tato práce poskytuje systematický přehled modelovacích a analyzačních …více

Abstract

There have been created a number of tools for modeling and analysis of biochemical processes. These tools use both traditional mathematical methods, as well as formal methods for specification and analysis of models. Different tools employ different approaches for specification of models, the supported class of models, incorporated analyzing techniques and performance with respect to the speed and …více

Klíčová slova
systémová biologie genetické regulační sítě biochemické sítě simulace CellDesigner Copasi Virtual Cell GNA
Zadání práce

Pro účely analýzy modelů dynamiky biologických procesů byla vytvořena řada nástrojů využívajících tradičních matematických metod (např. COPASI, Cell Designer, ...). Existuje rovněž početná skupina nástrojů využívajících formálních metod pro specifikaci a analýzu modelů (např. GNA, BioCHAM, ...) Nástroje se liší ve způsobu zápisu modelů a výkonnosti z pohledu rychlosti zpracování a dimensionality modelu.

Cílem této práce je v teoretické části vytvořit systematický přehled vybraných nástrojů s ohledem na charakter podporovaných modelů, způsob zápisu a nabízené analyzační techniky. V praktické části bude provedeno zhodnocení nástrojů v následujících rovinách:

  1. Kvalitativní zhodnocení nástrojů zaměřené na porovnání možností specifikačních formalismů a podpoře standardních formátů.
  2. Kvantitativní zhodnocení zaměřené na výkonnost nástrojů (vzhledem k velikosti modelu).

Součástí práce je vytvoření vhodných testovacích modelů (benchmarků) a podpůrných skriptů usnadňujících porovnání nástrojů.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
24. 5. 2010 08:40, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Plný text práce
1,9 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
23. 6. 2010
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
abs PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Jan Láník FI B-IN MI, učo 255897 rd0y8/7
Láník, J.
17. 5. 2010
Složky
ChainGenerator 13408532/6
Láník, J.
19. 5. 2010
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Láník, J.
19. 5. 2010
Anotace česky annotation.txt
Láník, J.
17. 5. 2010
bakalarska prace thesis.pdf
Láník, J.
19. 5. 2010
Klíčová slova keywords.txt
Láník, J.
17. 5. 2010
posudek_oponenta.pdf
Brim, L.
11. 6. 2010

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.