Bakalářská práce

Backend pro databázi parciálních atomových nábojů

Backend for partial atomic charges database

Miroslava Voglová
Anotace

Parciální atomové náboje jsou důležitým teoretickým konceptem, který pomáhá ve studiu chemických a fyzikálních vlastností molekuly. Jelikož jejich výpočet má netriviální časovou složitost, má smysl hodnoty nábojů ukládat a zveřejňovat. Cílem této bakalářské práce bylo navrhnout a implementovat backend pro databázi parciálních atomových nábojů, která poskytuje napočítané náboje pro molekuly z veřejně …více

Abstract

Partial atomic charges are important theoretical concept, that gives us insight into the physical and chemical properties of molecules. Calculation of charges is resource-demanding, so storing and publishing values of charges is useful. Therefore the goal of this thesis is to propose and implement backend for database of partial atomic charges. First, I proposed database suitable for storing molecular …více

Klíčová slova
parciální atomové náboje chemoinformatika databáze ChargeDB automatizace backend partial atomic charges chemoinformatics database automatization
Zadání práce

Parciální atomové náboje představují důležitý koncept výpočetní chemie - lze z nich odvozovat vlastnosti molekul nebo studovat jejich reaktivitu. Uplatnění tak nachází např. při vývoji léčiv. Jelikož se jedná pouze o teoretický koncept, nejsou náboje experimentálně měřitelné. Je ale možné je určit výpočtem.

Existuje několik modelů výpočtu nábojů - od kvantově mechanických po empirické. Tyto metody jsou často netriviálně výpočetně náročné a má tedy smysl výsledky ukládat a veřejně zpřístupňovat.

Cílem bakalářské práce je návrh a implementace backendu pro databázi uchovávající struktury molekul spolu s napočítanými náboji. Konkrétní úkoly pro bakalářskou práci:

1) návrh databáze pro uložení struktur a nábojů

2) popis a implementace workflow pro výpočet nábojů

  • implementace skriptů pro automatické získávání struktur z veřejných databází struktur, jako jsou DrugBank či Ligand Expo
  • integrace s externím validačním nástrojem
  • uložení struktur do databáze
  • automatizace výpočtu různých typů nábojů skrze dávkový systém MetaCentra

3) popis nasazení v prostředí MetaCentra

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
9. 1. 2017 13:48, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
1,3 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
14. 2. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
VyCh CSB CEITEC MU

Oponent

Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970
VyCh CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.