Bakalářská práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Frontend pro databázi parciálních atomových nábojů

Frontend for partial atomic charges database

Dominik Toušek
Anotace

Parciální atomové náboje představují důležitý koncept výpočetní chemie. Jsou významným ukazatelem napomáhajícím predikci chemických vlastností molekul. Mezi oblasti jejich využití patří fyzikální chemie, organická chemie a bioinformatika. Hodnoty parciálních nábojů nejsou experimentálně měřitelné, lze je však získat výpočtem. Pro výpočet existuje více přístupů a metod produkujících různé typy nábojů …více

Abstract

Partial atomic charges represent an important concept in computational chemistry. They are an important indicator, which helps with predicting chemical properties of molecules. Among the areas of their use belongs physical chemistry, organic chemistry and bioinformatics. Values of partial charges can’t be measured experimentally. However they can be obtained by calculation. For the calculations there …více

Klíčová slova
parciální atomové náboje ChargeDB databáze parciálních nábojů webový frontend bioinformatika výpočetní chemie partial atomic charges database of partial charges web front-end bioinformatics computational chemistry
Zadání práce

Parciální atomové náboje představují důležitý koncept výpočetní chemie - lze z nich odvozovat vlastnosti molekul nebo studovat jejich reaktivitu. Uplatnění tak nachází např. při vývoji léčiv. Jelikož se jedná pouze o teoretický koncept, nejsou náboje experimentálně měřitelné. Je ale možné je určit výpočtem.

Existuje několik modelů výpočtu nábojů - od kvantově mechanických po empirické. Tyto metody jsou často netriviálně výpočetně náročné a má tedy smysl výsledky ukládat a veřejně zpřístupňovat.

Cílem bakalářské práce je návrh a implementace frontendu pro databázi uchovávající struktury molekul spolu s napočítanými náboji. Konkrétní úkoly pro bakalářskou práci:

1) návrh a implementace webového frontendu, který bude obsahovat:

  • možnost vyhledávat molekuly dle zadaných kritérií
  • pohled na jednotlivou molekulu spolu s integrací nástrojů pro 2D a 3D vizualizaci (jako u databází DrugBank či Ligand Expo)
  • analytické rozhraní pro zobrazení základních statistických vztahů mezi náboji
  • administrativní rozhraní pro zadávání nových struktur a požadavků na výpočet nábojů

2) definice a implementace API pro automatizovaný přístup k nábojům a molekulám

3) popis nasazení v prostředí MetaCentra

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
9. 1. 2017 13:44, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
1,1 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
14. 2. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
VyCh CSB CEITEC MU

Oponent

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
VyCh CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.