Bakalářská práce

Analýza chloroplastových genomů v rodu Boechera (brukvovité)

The complete chloroplast genome assembly in the genus Boechera (Brassicaceae)

Jana Straková, učo 500168
Anotace

Apomixie je forma nepohlavního rozmnožování semeny a ve většině případů je u rostlin spojena s polyploidií a hybridizací. Pochopení mechanismu apomixie by mohlo být velmi užitečné v zemědělství pro zachování žádoucích vlastností pro vícero generací rostlin a produkci výnosné úrody. Rod Boechera je jediným rodem v čeledi brukvovitých (Brassicaceae), kde je apomixie dobře zdokumentována. Rostliny rodu …více

Abstract

Apomixis is an asexual form of reproduction through seeds and is usually connected to polyploidy and hybridization. An understanding of the mechanisms behind apomixis could be of great use in agriculture to secure valuable traits over multiple generations and produce high-yielding crop. The genus Boechera is the only one from the Brassicaceae family, in which apomixis is well documented. Boechera plants …více

Klíčová slova
de novo assembly Boechera Brassicaceae chloroplast fylogeneze apomixie phylogeny apomixis
Zadání práce
Rod Boechera (brukvovité), blízce příbuzný modelovému rostlinnému druhu Arabidopsis thaliana, obsahuje c. 110 druhů rozšířených především v Severní Americe. Rod Boechera je charakterizován základním chromozomovým číslem x = 7 a zahrnuje diploidní sexuální (2n = 14) stejně jako diploidní (2n = 14, 15) a triploidní (2n = 21, 22) apomiktické taxony. Častá hybridizace mezi sexuálními druhy vede ke vzniku morfologicky variabilních diploidních apomiktů. Triploidi vznikají hybridizací mezi sexuálními a apomiktickými rostlinami. U apomiktů v rodu Boechera byly identifikovány dva heterochromatinové chromozomy (Het a Del), dlouho považované za B chromozomy.
Prvotním úkolem studenta bude nastudovat si problematiku chloroplastových genomů, s důrazem na čeleď brukvovitých, a osvojit si metodické nástroje pro analýzu plastidových genomů. Tyto nástroje bude student následně použije k analýze nově vygenerované Illumina sekvencí a sekvencí dostupných z databází. Cílem bakalářské práce je de novo assembly chloroplatových genomů vybraných sexuálních a apomiktických zástupců rodu Boechera, jejich vzájemné porovnání a fylogenetická rekonstrukce založená na celých chloroplastových genomech. Získané výsledky bude student diskutovat v kontextu celé čeledi brukvitých.
Téma bakalářské práce je součástí výzkumného projektu školitelky (grant GAČR č. 21-06839S).
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 5. 2022 08:39, RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D., učo 64119
Plný text práce
2,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
29. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D., učo 64119
Genet ÚEB Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Jana Faturová, Ph.D., učo 500838
MGR MCGPR CEITEC MU

Konzultant

Mgr. Petra Hloušková, Ph.D., učo 141799
CGR MCGPR CEITEC MU

Literatura

  • DIERCKXSENS, N; P MARDULYN a G SMITS. NOVOPlasty: de novo assembly of organelle genomes from whole genome data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 45, č. 4, 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkw955.
  • GUO, XY; JQ LIU; GQ HAO; L ZHANG; KS MAO; XJ WANG; D ZHANG; T MA; QJ HU; IA AL-SHEHBAZ a MA KOCH. Plastome phylogeny and early diversification of Brassicaceae. BMC Genomics. LONDON: BioMed Central, 2017, roč. 18, 9 s. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12864-017-3555-3.
  • DU, XY; T ZENG; Q FENG; LJ HU; X LUO; QB WENG; He JF a B ZHU. The complete chloroplast genome sequence of yellow mustard (Sinapis alba L.) and its phylogenetic relationship to other Brassicaceae species. Gene. Amsterdam: Elsevier Science, 2020, roč. 731, 9 s. ISSN 0378-1119. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.gene.2020.144340.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.