Bakalářská práce

Struktura repeatomu u vybraných zástupců rodu Boechera (brukvovité)

The structure of repeatomes in the genus Boechera (Brassicaceae)

Karolína Masárová
Anotace

Naše chápání strukturní složitosti a genomických rolí repetitivních sekvencí bylo dlouho komplikováno různými technickými a analytickými omezeními. Současný vývoj jak sekvenačních technologií, tak bioinformatických metod analýzy repetitivních sekvencí však výrazně přispěl k poznání v oblasti repetitivní části DNA. Boechera je rod kvetoucích rostlin, kterým náleží specifické postavení ve výzkumu apomixie …více

Abstract

Our understanding of the structural complexity and genomic roles of repetitive sequences has been complicated by various technical and analytical limitations for many decades. However, the recent development of both sequencing technologies and bioinformatics methods of analysis of repetitive sequences has strongly contributed to our knowledge in the field of repetitive DNA. Boechera is a genus of flowering …více

Klíčová slova
repeatome Boechera Brassicaceae repetitive DNA transposable elements repeatome analysis tandem repeats oligonucleotide design apomixis repetitivní DNA transpozony analýza repeatomu tandemové repetice návrh oligonukleotidů apomixie
Zadání práce
Rostlinný rod Boechera zahrnuje převážně diploidní a triploidní druhy, které se rozmnožují sexuálně anebo apomikticky. Častá hybridizace mezi diploidními sexuály vede ke vzniku diploidních a aneuploidních apomiktů, následné křížení mezi diploidními sexuály a apomikty zapříčiňuje vznik apomiktických triploidů. Přechod mezi sexuálním a apomiktickým způsobem rozmnožování je spojen mj. s akumulací (peri)centromerického heterochromatinu na chromozomu 1.
Prvotním úkolem studenta bude nastudovat si problematiku repetitivních sekvencí, s důrazem na čeleď brukvovitých, a osvojit si metodické nástroje pro analýzu repetitivní složky genomu (repeatomu). Tyto nástroje student následně použije k bioinformatické analýze nově vygenerovaných Illumina sekvencí z vybraných sexuálních a apomiktických zástupců rodu Boechera, doplněných o sekvence dostupné v databázích.
Cílem bakalářské práce je kvalitativní a kvantitativní analýza repeatomů v rodu Boechera a identifikace genomově specifických repetitivních sekvencí, s důrazem na sekvence asociované s apomixií. Získané výsledky bude student diskutovat v kontextu celé čeledi brukvitých.
Téma bakalářské práce je součástí výzkumného projektu školitelky (grant GAČR č. 21-06839S).
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 5. 2022 08:38, RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D., učo 64119
Plný text práce
1,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
29. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D., učo 64119
Genet ÚEB Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Vendula Pukyšová, Ph.D., učo 393418
VBBR MCGPR CEITEC MU

Konzultant

Mgr. Petra Hloušková, Ph.D., učo 141799
CGR MCGPR CEITEC MU

Literatura

  • NOVAK, P; P NEUMANN a J MACAS. Global analysis of repetitive DNA from unassembled sequence reads using RepeatExplorer2. Nature Protocols. London: Nature Publishing Group, 2020, roč. 15, č. 11, s. 3745-3776. ISSN 1754-2189. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41596-020-0400-y.
  • NEUMANN, P; P NOVAK; N HOSTAKOVA a J MACAS. Systematic survey of plant LTR-retrotransposons elucidates phylogenetic relationships of their polyprotein domains and provides a reference for element classification. Mobile DNA. LONDON: BioMed Central, 2019, roč. 10, 17 s. ISSN 1759-8753. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13100-018-0144-1.
  • MCCANN, J; J MACAS; P NOVAK; TF STUESSY; JL VILLASENOR a H WEISS-SCHNEEWEISS. Differential Genome Size and Repetitive DNA Evolution in Diploid Species of Melampodium sect. Melampodium (Asteraceae). Frontiers in Plant Science. Lausanne (Switzerland): Frontiers Media SA, 2020, roč. 11, 14 s. ISSN 1664-462X. Dostupné z: https://doi.org/10.3389/fpls.2020.00362.
  • MACAS, J; P NOVAK; J PELLICER; J CIZKOVA; A KOBLIZKOVA; P NEUMANN; I FUKOVA; J DOLEZEL; LJ KELLY a IJ LEITCH. In Depth Characterization of Repetitive DNA in 23 Plant Genomes Reveals Sources of Genome Size Variation in the Legume Tribe Fabeae. Plos one. San Francisco: Public Library Science, 2015, roč. 10, č. 11, 23 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0143424.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.