RNA polymeráza II nezajišťuje přepis pouze genů, které kódují proteiny, ale také transkripci malých nekódujících RNA (sn/snoRNA), kryptických nestabilních transkriptů (CUTs) a dalších. Narozdíl od RNA polymeráz I a III, Rpb1 doména RNA polymerázy II obsahuje dlouhou, flexibilní C-terminání doménu (CTD). Tuto CTD doménu lze rozdělit do tří částí: i) oblast flexibilního linkeru, ii) oblast s opakující se (26-52x v závislosti na organismu) sekvencí sedmi aminokyselin Y1S2P3T4S5P6S7 a iii) oblast divergentního C-konce.

CTD doména v kvasinkách může dosáhnout v natažené konformaci teoretické délky až 650 Anstrgöm. Velikost a flexibilita umožňuje CTD interagovat s různými proteiny/enzymy, které se účastní transkripce a zpracování RNA. Mimoto je CTD posttranslačně modifikována (např. fosforylována na serinových reziduích), čímž vzniká tzv. "CTD kód". Z posttranslačních modifikací je zatím nejlépe prostudovanou modifikací fosforylace na serinu 2, 5 a 7.

Cílem bakalářské práce je studium různě dlouhých CTD peptidů za účelem sekvenčního přiřazení rezonančních frekvencí páteřových atomů pomocí NMR technik založených na CON korelacích a nelineárním vzorkování. Vzhledem k tomu. že příprava fosforylovaných CTD je komplikovaná, bude fosforylovaný serin nahrazen glutamátem.

Student/ka se při bakalářské práci seznámí s teoretickými i praktickými aspekty moderní nukleární magnetické rezonance (NMR) zahrnující měření, zpracování a analýzu jednoduchých i pokročilých NMR spekter. Měření bude probíhat v prostředí programu TopSpin 3.2, zpracování pomocí programového balíku NMRPipe/NMRDraw a analýza v programu Sparky.

• Eick, D. & Geyer, M.: The RNA Polymerase II Carboxy-Terminal Domain Code. Chemical Reviews 2013 ;113(11):8456-90.
• Nováček, J., Janda, L., Dopitová, R., Žídek, L., Sklenář, V.: Efficient protocol for backbone and side-chain assignments of large, intrinsically disordered proteins: transient secondary structure analysis of 49.2 kDa microtubule associated protein 2c. J Biomol NMR 2013 56(4):291-301.
• Jasnovidova, O., Štefl, R.: The CTD code of RNA polymerase II: a structural view. Wiley Interdiscip Rev RNA 2013 4(1):1-16.