Bakalářská práce

Bioinformatická analýza hypobiózy u larev Teladorsagia circumcincta

Bioinformatic analysis of hypobiosis in Teladorsagia circumcincta larvae

Marie Jankůjová, učo 423826
Anotace

Teladorsagia circumcincta je hlístice parazitující v žaludku domácích i divokých přežvýkavců. Při nepříznivých podmínkách je schopná reagovat stavem hypobiózy. Jedná se o způsob pozastavení vývoje, který může být podobný velmi prozkoumanému stavu dauer larva hlístice Caenorhabditis elegans. Tato práce se zaměřuje na analýzu genové exprese u larev T. circumcincta indukovaných k hypobióze pomocí mikročipové …více

Abstract

Teladorsagia circumcincta is a nematode parasitizing in the stomach of domestic and wild ruminants. Under unfavourable conditions, T. circumcincta is able to respond with hypobiosis. It is a way of arrested development, which can be similar to the very explored dauer larva in C. elegans nematode. This thesis is aimed at gene expression analysis in T. circumcincta larvae induced to hypobiosis with microarray …více

Zadání práce

Teladorsagia circumcincta (Nematoda: Trichostrongylidae) is a nematode parasitizing mallow in wide range of domestic and wild ruminants. In temperate climate it is considered as economically important parasite of sheep and goats, which is one of the originators of the parasitic gastroenteritis.

Hypobiosis is the adaptation phenomenon allowing a parasite to survive periods of adverse environmental conditions in a host, in a anabiosis state. Despite the epizootiological significance of hypobiosis is known for many decades and patterns of detained endogenous development have been described in many parts of the world, the molecular mechanisms of this phenomenon are not yet sufficiently understood. So called dauer larva is much more extensively studied similar adaptation phenomenon, which occurs in saprophytic soil nematode Caenorhabditis elegans. Results of previous studies focused on the study of the suspended development are ambiguous and regulatory mechanisms leading to hypobiosis still remain unclear.


Objectives of the thesis:
  1. Analyze microarray gene expression data and process the results – hybridization of chip for Caenorhabditis elegans RNA with RNA samples isolated from Teladorsagia circumcinta (microarrays).
  2. Compare results of gene expression (microarrays) with proteomic data (mass spectrometry) reflecting the protein composition of excretory-secretory products of T. circumcinta.
  3. Validate and explore in more detail presence of the proteins encoded by the genes daf-7, daf-16, daf-1, daf-4 and daf-2 (involved in the regulation of dauer process signaling cascades in saprophytic nematodes) in T. Circumcinta hypobiotic larvae using bioinformatic methods.
  4. Carry out a phylogenetic analysis of gene sequences daf-7, daf-16, daf-1, daf-4 and daf-2 in order to detect their genetic variability in related organisms using hypobiosis process.
Práce zkontrolována:
18. 5. 2016 23:13, Mgr. Jan Oppelt, Ph.D.
Plný text práce
2,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
15. 6. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Jan Oppelt, Ph.D.
abs PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

RNDr. Martin Kašný, Ph.D., učo 11259
ÚBZ Biol PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.