Bakalářská práce

Softwarové nástroje pro výpočet disociačních konstant

Software tools for calculation of disociation constants

Michal Kudera, učo 207767
Anotace

Disociační konstanta (pKa) je velmi důležitou chemickou charakteristikou molekul. Využívá se například při virtuálním screeningu nebo pro molekulové modelování. Stanovit hodnotu pKa experimentálně je náročné a rovněž výpočet pKa je netriviální. Efektivním způsobem získání hodnoty pKa je její dopočítání na základě nábojů na atomech vstupní molekuly. Ve své práci jsem navrhnul, popsal a implementoval …více

Abstract

A dissociation constant (pKa) is a very important chemical characteristic of molecule. It is used for example in virtual screening or for molecular modeling. The experimental measuring of pKa in complicated and also a calculation of pKa is not easy. An effective way of pKa calculation is its determination from atomic charges of an input molecule. In my work, I designed, described and implemented a …více

Klíčová slova
disociační konstanta pKa fenoly vícerozměrná lineární regrese parametrizace náboje na atomech
Zadání práce
Disociační konstanty jsou důležitou charakeristikou molekul. Popisují, jak snadno je molekula schopna uvolnit vodíkový kation (konstanta pKa) případně hydroxylovou skupinu (konstanta pKb). Tuto informaci můžeme využít například pro zjištění, jestli je daná molekula použitelná jako lék (analýza rozsáhlých databází molekul, takzvaný virtuální screening).
Hodnoty pKa je možno určit experimentálně nebo výpočetně. Pro účely virtuálního screeningu je nutno využít metodu, která je schopna poskytnout hodnoty pKa velmi rychle. Jednou z takovýchto metod je výpočet pKa na základě hodnot nábojů na atomech. A právě implementací softwarových nástrojů pro výpočet disociačních konstant touto metodou se zabývá uvedená bakalářská práce. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Nastudovat pojmy týkající se počítačového zpracování molekul a algoritmů pro výpočet pKa.
  • Navrhnout a implementovat software pro práci s disociačními konstantami.
  • Otestovat vytvořené nástroje na reálných datech týkajících se malých organických molekul.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
31. 5. 2010 00:01, prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
Plný text práce
741,7 KB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
24. 6. 2010
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Oponenti

Mgr. Petr Fibinger
Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.