Bakalářská práce

Výpočty pKa na základě atomových nabojů

pKa prediction based on atomic charges

Stanislav Geidl, učo 327887
Anotace

Tato bakalářská práce je zaměřena na predikci hodnot pKa molekul fenolů pomocí QSPR modelů využívajících jako deskriptory atomové náboje. Používali jsme datovou sadu obsahující 143 molekul fenolů získaných z databáze NCI. Pro tyto molekuly jsme vypočítali kvantově mechanické náboje pomocí 83 různých kombinací kvantových metod (HF, MP2, B3LYP, BLYP, BP86, AM1 a PM3), bázových sad (STO-3G, 6-31G* a 6 …více

Abstract

The bachelor work is focused on prediction of pKa values for phenol molecules and we use QSPR models with atomic charges as descriptors. We worked with a data set containing 143 phenol molecules, obtained from NCI database. Quantum mechanical (QM) charges of these molecules were calculated using 83 different combinations of QM theory levels (HF, MP2, B3LYP, BLYP, BP86, AM1, and PM3), basis sets (STO …více

Klíčová slova
disociační konstanta pKa fenoly vztah mezi stukturou a vlastností QSPR model náboje dissociation constant phenols quantitative structure-property relationship charges
Zadání práce
Disociační konstanta pKa je důležitou charakteristikou molekul, protože mnoho klíčových fyzikálně-chemických vlastností molekuly je závislých na pKa. Hodnoty pKa ja bohužel obtížné získat experimentálně a rovněž jejich výpočet je velmi náročný. Jednou z metodik pro výpočet pKa je využití QSPR modelů a estimace pKa na základě hodnot vhodných deskriptorů. Jako velmi relevantní deskriptory pro výpočet pKa se prokázaly atomové náboje. Proto je tato bakalářská práce zaměřena právě na výzkum vztahů mezi atomovými náboji a pKav rámci molekul fenolů. Konkrétní cíle práce jsou:
  • Otestování korelace mezi pKa a deskriptory založenými na atomových nábojích. Výběr nejvhodnějších deskriptorů pro QSPR modely.
  • Vytvoření QSPR modelů pro výpočet pKa na základě vybraných deskriptorů. Studium vlivu volby QM metod, populačních analýz a bází.
  • Evaluace a cross-validace vytvořených modelů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
14. 5. 2011 15:26, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Plný text práce
2,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
17. 6. 2011
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D.
ext PřF MU

Konzultant

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
CF BioData CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.