Diplomová práce

Program pro analýzu rodin sekvencí schopných tvořit kvadruplexy

Computational analysis of sequence families in DNA quadruplexes.

Bc. Marek Vavruša
Anotace

V práci je představen automatizovaný přístup pro klasifikaci G-kvadruplexů do rodin podle jejich topologie, a zároveň nová metoda pro heuristickou predikci topologie G-kvadruplexu z nukleotidové sekvence. Obě metody jsou implementovány v rámci nové sady nástrojů, a porovnány se stávajícími přístupy.

Abstract

The thesis presents an automated approach on the G-quadruplex structure classification with respect to the structure topology, and a novel method for heuristic prediction of a G-quadruplex topology from the nucleotide sequence. As a result, tools for both classification and prediction are developed and evaluated.

Klíčová slova
DNA sequence analysis DNA conformation G-DNA quadruplex tetraplex machine learning classification pattern recognition
Zadání práce
Student nastuduje problematiku tvorby kvadruplexů v DNA a vyhledávání jejich typických sekvencí v genomových datech. Navrhne způsob hodnocení sekvencí za účelem shlukování, který bude brát v úvahu nukleotidové složení, délky mezer, vztahy mezi pozicemi či další vlastnosti. Navrhne taky způsob nalezení geometricky optimální 3D struktury vzhledem k dosud publikovaným kvadruplexům. Vytvoří program, který pro libovolnou skupinu sekvencí provede analýzu, shlukování a vizualizaci nalezené nebo předpovězené struktury kvadruplexů.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
2. 6. 2014 07:55, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
2,1 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
23. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
DGen CMM CEITEC MU

Oponent

doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.
ext RECETOX PřF MU

Literatura

  • BURGE, S a ET AL. Quadruplex DNA: sequence, topology and structure. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford Press, 2006, roč. 34, č. 19, s. 5402-5415. ISSN 0305-1048.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.