Diplomová práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Kompaktní reprezentace biochemických procesů fotosyntézy

Compact representation of photosynthesis biochemical processes

Mgr. Juraj Nižnan
Anotace

Tradičné matematické modely fotosyntézy sú obvykle vyjadrené systémom chemických reakcií. Tento prístup vyžaduje, aby boli vymenované všetky možné kombinácie stavov modelovaných druhov. To vedie ku kombinatorickej explózii v počte reakcií aj napriek tomu, že štruktúra modelu sa dá zvyčajne vyjadriť kompaktnejšie. Skúmame využitie modelovania založeného na pravidlách, ktoré je zamerané na riešenie takýchto …více

Abstract

Traditional mathematical models of photosynthesis usually use systems of chemical reactions. This approach requires the modeller to enumerate all the possible state combinations of the modelled species. This leads to combinatorial explosion in the number of reactions although the structure of the model could be expressed more compactly. We explore the use of rule-based modelling which is designed to …více

Klíčová slova
Photosynthesis Photosystem II rule-based modelling Kappa BioNetGen BNGL model reduction syntactic operations
Zadání práce

Tématem práce je oblast formálních modelů (algebry procesů) vhodných pro popis specifických procesů tvořících součást fotosyntézy. V této oblasti nebyly dosud algebry procesů aplikovány.

Cílem práce je v teoretické části identifikovat současné možnosti procesně-algebraických modelů biologických procesů se zaměřením na rule-based jazyky, seznámit se s modely publikovanými na portálu e-photosynthesis.org a po konzultaci s vedoucím práce vybrat a adaptovat vhodnou rule-based reprezentaci pro konkrétní typ parciálních modelů procesů fotosyntézy.

Výstupy práce budou následující:

  • formalizace několika modelů vybraných částí procesu fotosyntézy (Holzwarth 2006, Lazár 2009) v rule-based formátu
  • formalizace komponenty fotosystému II (PSII) v různých variantách podrobnosti
  • nahrazení modulu PSII v modelu Lazár 2009 některou z detailnějších variant a srovnání chování s původním modelem
  • evaluace výhod algebraického zápisu vzhledem k tradičnímu popisu množinou chemických reakcí (míra kompaktnosti)
  • diskuse rozdílů mezi jednotlivými variantami modelů z formálního hlediska, bude-li to možné identifikovat na syntaktické úrovni abstraktní operace, které realizují modifikaci modelů
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
26. 5. 2014 10:49, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
Plný text práce
1,4 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
23. 6. 2014
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Oponent

Mgr. Matej Klement
ext CERIT FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Juraj Nižnan FI N-AP BIO wtzjk/7
Dvořáková, A.
9. 4. 2013
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Nižnan, J.
26. 5. 2014
Anotace česky annotation.txt
Nižnan, J.
26. 5. 2014
Klíčová slova keywords.txt
Nižnan, J.
26. 5. 2014
Plný text práce thesis.pdf
Nižnan, J.
26. 5. 2014
Posudek oponenta posudok_oponent.doc
Klement, M.
16. 6. 2014
Posudek vedoucího niznan.pdf
Šafránek, D.
16. 6. 2014
Příloha rbm-photosynthesis.zip
Nižnan, J.
26. 5. 2014

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.