Bakalářská práce

Použití ddRAD sekvenování při studiu evoluční historie živočichů

Use of ddRAD sequencing in research on animal evolutionary history

Veronika Chalupová, učo 484797
Anotace

I přes velký rozvoj sekvenování nové generace je stále nemožné sekvenování celých genomů různých organismů, zejména kvůli vysokým nákladům a časové náročnosti. Z tohoto důvodu se pro genetické analýzy používají pouze malé úseky DNA (mitochondriální nebo jaderné lokusy). ddRAD sekvenování je metoda, kterou lze za pomoci dvou restrikčních enzymů získat velké množství fragmentů pro sekvenování napříč …více

Abstract

Despite the development of next-generation sequencing it is still impossible to sequence whole genomes of various organisms, because it is expensive and time-consuming. For this reason, only small parts of DNA (mitochondrial or nuclear loci) are used for genetic analyses. ddRAD sequencing uses two different restriction enzymes to obtain huge number of fragments throughout the genome, while little starting …více

Klíčová slova
ddRAD sekvenování evoluční historie fylogenetické vztahy delimitace druhů struktura populací genetická diverzita ddRAD sequencing evolutionary history phylogenetic relationships species delimitation population structure genetic diversity
Zadání práce
Hlavním předpokladem studia evoluční historie organismů je poznání fylogenetických vztahů a struktury genetické variability na různých taxonomických úrovních. Kromě běžně užívaných genetických metod sekvenování a genotypování konkrétních úseků DNA (mitochondriální nebo jaderné lokusy, mikrosatelity) se na mezidruhové a vnitrodruhové úrovni nově využívají data získaná napříč celým genomem. Příkladem je prosekvenování (metodami NGS) úseků obklopujících restrikční místa dvou různých endonukleáz, tzv. ddRAD sekvenování (Double Digest Restriction Associated DNA Sequencing). Každá z metod má však svá specifika, není vhodná pro každou situaci či nedokáže získat dostatek vhodných dat pro studium stanovené vědecké otázky. V rámci své bakalářské práce student/ka vypracuje literární rešerši shrnující dosavadní poznatky o použití ddRAD sekvenování při studiu evoluční historie živočichů. Konkrétně půjde o 1) podrobné představení metodiky ddRAD sekvenování (soupis jednotlivých laboratorních kroků při přípravě knihoven k sekvenování); 2) popis možností bioinformatického zpracování získaných sekvencí; 3) souhrn významných příkladových studií použití ddRAD sekvenování ke studiu fylogeneze a vnitrodruhové genetické struktury u živočichů; a 4) charakterizaci specifik, výhod a nedostatků použití této metody.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
9. 6. 2021 13:39, Mgr. Adam Konečný, Ph.D., učo 52434
Plný text práce
1,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
12. 7. 2021
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Adam Konečný, Ph.D., učo 52434
ÚBZ Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Daniela Mizerovská, Ph.D.
abs PřF MU

Konzultant

Malahatosadat Dianat, Ph.D., Ph.D, učo 490619
ÚBZ Biol PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Ekologická a evoluční biologie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.