Molekulová dynamika patří k zavedeným metodám výpočetní chemie, protože umožňuje dynamický popis studovaného systému s atomovým rozlišením. Hlavním výsledkem simulací je trajektorie, tj. souřadnice všech atomů v jednotlivých krocích simulace. S rostoucí velikostí studovaných systémů se analýza těchto trajektorií stává časově náročnou. Cílem bakalářské práce je vytvořit sadu nástrojů, které umožní paralelní analýzu jednotlivých snímků trajektorie a ukázat na vybraných analýzách reálných trajektoriích efektivnost vytvořených nástrojů. Student vytvoří programy v uspořádaní server-klient. První server bude načítat analyzovanou trajektorii. Několik současně spuštěných klientů pak bude načítat snímky trajektorie zaslané serverem a následně provádět jejich analýzu. Získané výsledky se pak budou zasílat druhému serveru, který bude zajišťovat jejich shromažďování. Student vytvoří 2 verze serveru, načítajícího analyzovanou trajektorii, první verze bude schopna přijmout a plnit v jedné chvíli požadavek pouze jednoho klienta, v druhé verzi bude server schopen současně spojení s více klienty díky rozvětvení do vláken.
Student určí zrychlení analýzy v obou uvedených provedení pro počet klientů od 1 do 31 a porovná výsledky obou verzí. Student bude uvedeným způsobem analyzovat 10 ns dlouhou trajektorii ze simulace komplexu proteinu LgtC se dvěma substráty - UDP-galaktosou a deoxylaktosou. Při analýze se zaměří na výpočet vazebné energie deoxylaktosy v uvedeném komplexu pomocí metody MM/PBSA.