Bakalářská práce

Data downsampling for Mol* VS

Patrik Roháč
Anotace

Nedávny pokrok v mikroskopii, ako napríklad kryo-EM a svetelná mikroskopia, viedol k obrovským objemovým súborom údajov, ktoré je náročné spracovať a vizualizovať. Moderné webové nástroje, ako napríklad Mol* VS, umožňujú výskumníkom skúmať tieto údaje v prehliadači, ale efektívna vizualizácia si vyžaduje náročné predspracovanie, čo môže pri použití metód založených len na CPU spôsobiť prekážky. Moja …více

Abstract

Recent advances in microscopy, such as cryo-EM and light-sheet microscopy, have led to massive volumetric datasets that are challenging to process and visualize. Modern web-based tools like Mol* VS allow researchers to explore these data in the browser, but efficient visualization requires heavy preprocessing, which can create bottlenecks when using only CPU-based methods. My thesis improves Mol* VS …více

Klíčová slova
Mol* Mol* VS downsampling GPU optimization CUDA preprocessing multi-resolution pyramids convolution volumes segmentations
Zadání práce
Mol* Volumes & Segmentations 2.0 (Mol* VS 2.0) enables interactive, real-time visualization of large-scale volumetric data from advanced microscopy and imaging experiments. These visualizations, important for biological research, include detailed segmentations (breaking down 2D/3D images into biologically meaningful regions such as organelles) and associated annotations to enhance biological understanding.

To add the data to Mol* VS 2.0, it must be pre-processed using the Preprocessor module, which converts it into an internal format. Furthermore, downsampling is required to reduce the dataset size for online visualisation.

The thesis objectives are:
  • Research algorithms for downsampling volumetric and lattice volumetric segmentation data.
  • Implement the most promising algorithms into the Mol* VS preprocessor module.
  • Benchmark these algorithms against the currently used techniques.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2025 14:43, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
3,5 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
27. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
NCBR PřF MU

Oponent

prof. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056
NCBR PřF MU

Konzultant

RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435
NCBR PřF MU

Literatura

  • CHARESHNEU, Aliaksei; Adam MIDLIK; Crina-Maria IONESCU; Alexander ROSE; Vladimír HORSKÝ; Alessio CANTARA; Radka SVOBODOVÁ; Karel BERKA a David SEHNAL. Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2023, roč. 51, W1, s. "W326"-"W330", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkad411.
  • CHARESHNEU, Aliaksei; Alessio CANTARA; Dominik TICHY a David SEHNAL. Visualizing Volumetric and Segmentation Data using Mol* Volumes & Segmentations 2.0. Current Protocols. Wiley, 2024, roč. 4, č. 12, s. 1-34. ISSN 2691-1299. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cpz1.70070.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Programování a vývoj aplikací

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.