Alternativa bakalářské práce

Hledání antimikrobiálních peptidů selektivních na bakteriální membrány

Search for antimicrobial peptides selective for bacterial membranes

Petr Pospíšil
Anotace

Bakterie rezistentní na antibiotika představují značnou hrozbu pro lidstvo. Z toho důvodu je nutné hledat nové alternativy k tradičním antibiotikům. Jednou z nadějných možností jsou antimikrobiální peptidy (AMP), které vykazují schopnost účinně zabíjet i bakterie rezistentní vůči antibiotikům pomocí různých mechanismů. Vzhledem k tomu, že většina známých AMP je toxická pro člověka, je klíčové nalézt …více

Abstract

Antibiotic-resistant bacteria represent a significant threat to human health. It is therefore necessary to identify new alternatives to traditional antibiotics. One promising option is antimicrobial peptides (AMPs), which show the ability to effectively kill even antibiotic-resistant bacteria through a variety of mechanisms. Since most known AMPs are often toxic to humans, it is crucial to find peptides …více

Klíčová slova
antimikrobiální peptidy selektivita peptidů adsorpční energie CUDA GPU akcelerace antimicrobial peptides selectivity of peptides adsorption energy GPU acceleration
Zadání alternativy bakalářské práce

Antimikrobiální peptidy (AMP), které narušují ochrannou funkci membrán, dokáží účinně zabíjet bakterie odolné vůči antibiotikům, což je staví do pozice silných kandidátů pro vývoj nových terapeutik. Většina známých AMP však vykazuje toxické vlastnosti a často pochází z nebezpečných zdrojů, jako jsou jedy. Pro terapeutické účely je peptidy proto nutné modifikovat. Bohužel naše znalosti mechanismů cílení peptidů na specifické patogeny a jejich membrány jsou velmi malé, což omezuje další vývoj.

Cílem tohoto projektu je identifikovat sekvence AMP se selektivní adsorpcí, tedy preference bakteriálních membrán oproti lidským membránám. První úkol zahrnuje přenesení nedávno vyvinutého softwaru s implicitním modelem membrány na GPU a jeho následná optimalizace. Tento optimalizovaný program umožní analýzu nejméně 10^10 sekvencí AMP z hlediska jejich preference membrán. Následné počítačové simulace s použitím molekulové dynamiky a výpočtů volné energie následně ověří membránovou preferenci nejslibnější sekvence z implicitního modelu. Výsledné poznatky budou sloužit pro výběr optimálních AMP pro terapeutické použití.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
15. 5. 2025 16:42, prof. RNDr. Robert Vácha, PhD., učo 115936

Upozornění:

Závěrečná práce byla v souladu s § 47b zákona o vysokých školách skryta z důvodu překážky pro její zveřejnění do 14. 5. 2035.

Odůvodnění: Zveřejnění Závěrečného projektu je odloženo do 14.5.2035.

Jazyk alternativy bakalářské práce
čeština čeština
Termín rozpravy
25. 6. 2025
Rozprava proběhla úspěšně

Vedoucí

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD., učo 115936
ÚFKL Fyz PřF MU

Zpravodaj

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
NCBR PřF MU

Konzultant

doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898
KPSK FI MU
Citovat tuto alternativu bakalářské práce
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.