Bakalářská práce

Výpočtové prostredie pre anotáciu DNA sekvencií transpozónov a ich prezentáciu

Computational tools for annotation of transposable element DNA sequence annotation and presentation

Michal Červeňanský, učo 456361
Anotace

Cieľom tejto bakalárskej práce bolo vyvinúť systém, ktorý umožní výskumným pracovníkom Oddělení vývojové genetiky rostlin Biofyzikálního ústavu Akademie věd České republiky automatizované spúšťanie analyzačných programov, primárne programu TE-nester, ukladanie výsledkov analýz a ich zdieľanie. Systém bol vyvíjaný pre prácu s transpozónmi, funguje však aj s génmi, či inými štruktúrami. Úlohou systému …více

Abstract

The goal of this bachelor thesis was to develop a system, which would enable researchers from Department of Plant Developmental Genetics of the Institute of Biophysics of the Czech Academy of Sciences to automatically run analysis software, mainly tool TE-nester, to enable saving of analysis results and sharing them. The system was developed to be working with transposable elements, but it will also …více

Klíčová slova
bioinformatika pipeline transpozóny SQL IGV TE-nester Python CGI Snakemake
Zadání práce
Študent sa oboznámi so základmi molekulárnej biológie genómov, typickými štruktúrami eukaryotických transpozónov a existujúcimi prístupmi k ich anotácii a vizualizácii. V spolupráci so školiteľom navrhne architektúru systému pre automatické spracovanie sekvencií DNA obsahujúcich transpozóny. Systém vykoná potrebné anotačné analýzy, sprístupní ich výsledky užívateľom v datovej forme, vrátane dát umožňujúcich vizualizáciu. Systém bude zabezpečovať ukladanie dát a umožní pokladať dotazy nápomocné pri riešení biologických problémov. Implementácia by mala byť reprodukovateľná, škálovateľná a umožňovať so systémom pracovať laikom z okruhu cieľových užívateľov - biológov.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
28. 5. 2019 08:23, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
4,5 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
24. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.