PřF:Bi9393 Analytická cytometrie - Informace o předmětu

Bi9393 Analytická cytometrie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

doc. Mgr. Karel Souček, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Lukáš Kubala, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Alena Hyršlová Vaculová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Hana Polášek-Sedláčková, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. Mgr. Karel Souček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Karel Souček, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 8:00–9:50 BFU

Předpoklady

Předmět nemá žádné speciální předpoklady.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci kurzu bude student schopen: - rozumět základním principům a aplikacím moderních metod analytické cytometrie jako je průtoková cytometrie, buněčná separace, světelná digitální mikroskopie; pochopit základní principy analýzy dat, jejich interpretace a prezentace.

Výstupy z učení

Student/ka si osvojí detailní principy průtokové cytometrie a digitální mikroskopie včetně konkrétních metodických aplikací.

Osnova

Obecný úvod do průtokové cytometrie - základní principy a vývoj technologie (Principy průtokové cytometrie a sortrování, fluorescence -zdroje excitace, optické systémy a způsoby detekce fluorescence -zpracování a kompenzace signálu -vizualizace, analýza a softwarové zpracování dat. Biologické aplikace průtokové cytometrie - buněčné biologie (analýza nukleových kyselin , analýza buněčných funkcí, princip a praktické možnosti víceparametrových analýz) - cytogenetika - hydrobiologie (Karel Souček, 5 přednášek). Metody průtokové cytometrie ve studiu buněčné smrti: ukázky vybraných metod, principy, praktické aplikace, interpretace, srovnání, jedno- a vícebarevné analýzy (Alena Hyršlová Vaculová, 1 přednáska) • Aplikace průtokové cytometrie v klinické imunologii a hematologii – imunofenotypizace, funkční testy imunitních buněk, aktivace lymfocytů, aktivace fagocytů, mikrobicidní aktivita fagocytů, stanovení funkčních vlastností trombocytů (Lukáš Kubala, 2 přednášky) • Principy světelné a digitální mikroskopie (Hana Polášek-Sedláčková , 3 přednášky) - principy optické mikroskopie (zvětšení vs. rozlišení, objektivy a jejich parametry, optické aberace a korekce objektivů), mikroskopické techniky (světelné pole, temné pole, fázový kontrast, Normanskeho kontrast), vizualizace buněčných procesů (barvicí metody, fluorescenční sondy), principy fluorescenční mikroskopie. - fluorescenční mikroskopie v širokém poli, konfokální fluorescenční mikroskopie (laserové skenování, rotující disk), úvod do vysokoobsahového zobrazování, principy super-resoluční mikroskopie (SIM, STED, PALM, MINFLUX), studium dynamiky proteinů (časosběr, FRAP, FCS, FLIM, FRET, mikroozařování). - principy digitální mikroskopie, digitální kamera (citlivost vs. rozlišení, kvantová účinnost, dynamický rozsah a bitová hloubka), digitální obraz, principy analýzy obrazu (korekce pozadí, dekonvoluce, segmentace, analýza částic), umělá inteligence v analýze obrazu, principy integrity obrazu a zásady.

Literatura

doporučená literatura
• Practical Flow Cytometry
• Flow Cytometry: Instrumentation and Data Analysis
• - The Handbook of Flow Cytometry Methods - Current Protocols in Cytometry

Výukové metody

Kurz bude postaven zejména na přednáškách a diskuzích k nim. V rámci přednášek budou objasněny principy a způsoby základní analýzy dat k jednotlivým metodologiím.

Metody hodnocení

Zkouška Každý student bude muset prezentovat krátký seminář, jehož téma bude konzultováno s přednášejícím a bude se týkat zaměření kurzu. Na základě hodnocení vlastního semináře se bude také z 25-ti % odrážet v celkové známce. Kurz bude zakončen zkouškou ve formě testu shrnujícího látku za celý semestr. Výsledek testu bude tvořit 75% celkového hodnocení.

Náhradní absolvování

V případě zahraničního výjezdu je možné předmět absolvovat v náhradní podobě po dohodě s garantem.

Informace učitele

Klíčová literatura a přehledy Cossarizza A. et al. Guidelines for the use of flow cytometry and cell sorting in immunological studies (3rd Edition). Eur J Immunol. 2021. https://doi.org/10.1002/eji.202070126 Nolan J., Condello D. Spectral Flow Cytometry: The Current State and Future. Cytometry A. 2023. https://doi.org/10.1002/cyto.a.24682 Hennig C. et al. High-dimensional flow cytometry data: goldmine or fool’s gold? Cytometry A. 2024. https://doi.org/10.1002/cyto.a.24948 Barteneva N.S., Vorobjev I.A. Imaging Flow Cytometry: Development, Present and Future. Cytometry A. 2024. https://doi.org/10.1002/cyto.a.24840 Maecker H.T. et al. OMIP Collection (Optimized Multicolor Immunofluorescence Panels). Cytometry A. (průběžně aktualizované). https://onlinelibrary.wiley.com/journal/15524930 Standardy a metodiky MIFlowCyt: Minimum Information about a Flow Cytometry Experiment. ISAC Recommendation. https://isac-net.org/page/miflowcyt Welsh J.A. et al. MIFlowCyt-EV: Minimum Information for Reporting Extracellular Vesicle Flow Cytometry Experiments. J Extracell Vesicles. 2020. https://doi.org/10.1080/20013078.2020.1713526 ICCS Quality and Standards Committee – Flow Cytometry QC and Standardization Resources. https://www.cytometry.org/standards/ Profesní organizace a komunity ISAC – International Society for Advancement of Cytometry. https://isac-net.org CSAC – Česká společnost pro analytickou cytometrii. https://csac.cz

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2025/Bi9393