C7175 DNA diagnostika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
2/0/0. 4 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.
Ústav biochemie - Chemická sekce - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie - Chemická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bez předpokladů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem cyklu přednášek je seznámení se současnými trendy a využitím DNA diagnostiky v praxi
Výstupy z učení
Studenti budou na konci kurzu rozumět principům metody PCR, RealTime PCR, sekvenování, sekvenování nové generace, restrkičním analýzám, práci s DNA databázemi, legislativě Evropské unie týkající se zdravotnických prostředků in vitro, využití DNA diagnostiky v medicínské praxi. Studenti budou mít teoretické znalosti o metodách používaných v klinických laboratořích za účelem DNA diagnostiky bakteriálních a virových patogenů.
Osnova
  • 1. Obecný úvod, historie DNA diagnostiky (objevení struktury DNA, objevení principu PCR), struktura a funkce DNA, replikace, transkripce, translace 2. Klonování DNA, DNA knihovny, sekvenování DNA, blotování, databáze DNA, vyhledávání v databázích DNA 3. Princip řetězové polymerázové reakce tzv. master mixy, templátová DNA, primery, pufr, dNTP, DNA polymeráza, kroky PCR, termocyklér, metody množení DNA in vitro bez použití DNA polymerázy 4. Detekce amplifikované DNA, agarózové gely, polyakrylamidové gely, elektroforéza, blotování, imunochromatografie, PCR in situ, ELISA metody, restrikční analýza 5. Real Time PCR, princip, sybrgreen, TaqMan, molecular bacons, detekce bodových polymorfizmů, kvantifikace 6. DNA diagnostika v lékařství: legislativní požadavky na in vitro diagnostické zdravotnické prostředky, mikrobiologie, virologie, parazitologie: praktické využití DNA diagnostiky v přímé detekci mikroorganizmů. Detekce MTB, borélií, chlamydií, HIV, virových hepatitid, herpetických virů atd. 7. DNA diagnostika v zemědělství a lesnictví, detekce václavky v půdě, využití PCR v kvantifikaci mRNA při výzkumu tabáku 8. DNA diagnostika v potravinářství: diagnostika geneticky modifikovaných organizmů v potravinách, druhová specifikace masných výrobků, sýrů, evropská legislativa týkající se GMO
Literatura
    doporučená literatura
  • Manual of commercial methods in clinical microbiology. Edited by Allan L. Truant. Washington: ASM Press, 2002. xix, 481 s. ISBN 1-55581-189-2. info
  • RAPLEY, Ralph. The nucleic acid protocols : handbook. Totowa, New Jersey: Humana Press, 1999. xxii, 1050. ISBN 0-89603-459-3. info
Výukové metody
Výukové metody zahrnují jednak přednášky s PowerPointovou prezentací, jednak samostudium doporučené literatury.
Metody hodnocení
Ústní zkouška
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021.