Bi7528 Analysis of genomic and proteomic data

Faculty of Science
Autumn 2010 - only for the accreditation
Extent and Intensity
2/0/0. 2 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Recommended Type of Completion: zk (examination). Other types of completion: k (colloquium), graded credit, z (credit).
Teacher(s)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX - Faculty of Science
Contact Person: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Prerequisites (in Czech)
Bi5040 Biostatistics - basic course
Bi5040 Biostatistika – základní kurz, Bi8600 Vícerozměrné statistické metody, DSMBz01 Molekulární biologie a genetika, Bi3060 Obecná genetika Nutným předpokladem je dobrá znalost základní metodologie biostatistiky a základů molekulární biologie a genetiky . Doporučeno je absolvování předmětu Vícerozměrné statické metody (Bi8600).
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
The capacity limit for the course is 30 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 0/30, only registered: 0/30, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/30
Course objectives (in Czech)
Předmět patří do skupiny pokročilých kurzů analýzy dat a je zaměřen na analýzu dat produkovaných moderními „high density“ genomickými a proteomickými technologiemi jako jsou microarrays, SELDI-TOF, 2D-gelová elektroforéza apod. V úvodu předmětu se studenti seznámí s těmito technikami a také s obecnými principy analýzy jejich dat. Studenti se nejdříve dozví principy analýzy dat první úrovně a to analýzy obrazu, normalizace a kontroly kvality dat specificky pro jednotlivé technologie a dále mu budou představeny specifické metody pro následnou statistickou analýzu dat druhé úrovně. Tato část se bude věnovat zejména metodám hledání odlišně exprimovaných genů/proteinů, nalezení nových podskupin a vytváření klasifikačních pravidel. V další části se student naučí propojovat výsledky druhé úrovně analýzy dat s dalšími zdroji dat (klinické parametry, gene-ontology apod.) pro úspěšnou biologickou interpretaci výsledků. Výuka bude doplněna praktickými ukázkami a cvičeními na reálných datových souborech z veřejně přístupných databází na internetu.
Syllabus
  • 1. Úvod 2. Současné výzvy moderní genomické a proteomické analýzy 3.Rozdělení technologií pro analýzu genomu a proteomu 4. Základní principy analýzy „high-density“ dat 5. Analýza prvního stupně – kontrola kvality, analýza obrazu, normalizace 6. Analýza druhého stupně - hledání odlišně exprimovaných genů/proteinů, hledání nových skupin, vytváření klasifikačních pravidel 7. Analýza expresních microarrayí 8. Analýza arrayCGH 9. Analýza Chip-on-chip dat 10. Analýza dat SELDI-TOF mass spektrometrie 11. Specifika analýzy dalších typů dat (2D-gelová elektroforéza, proteínové arraye, …) 12. Analýza buněčných dráh (Pathway analýza) 13. Principy a metody meta-analýzy dat microarray experimentů
Assessment methods (in Czech)
Výuka probíhá blokově a předmět je ukončen složením zkoušky formou písemného testu.
Language of instruction
Czech
Further comments (probably available only in Czech)
The course is taught annually.
The course is taught: in blocks.
General note: předmět vyučován blokově.
Information on course enrolment limitations: Doporučení absolvovat Bi8600, DSMBz01, Bi3060
The course is also listed under the following terms Autumn 2009, Autumn 2010, Autumn 2011, Autumn 2011 - acreditation, Autumn 2012, Autumn 2013, Autumn 2014, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2020.