S1006 Bioinformatics - Sequence and Structure Analysis

Přírodovědecká fakulta
jaro 2015
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
dr Hedvig Hegyi, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
- A proper understanding of English - A sufficient knowledge of a Unix-like operating system
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Anotace
- Understand and learn the basic concepts in bioinformatics
- Understand DNA and protein sequences, genomes and proteomes
- Be able to carry out database searches using the BLAST programs
- Be able to do sequence analysis on their own, using the Clustalw/Muscle programs
- Find the domain composition of a protein sequence
- Determine the intrinsic disorder of a protein
Klíčová témata
    • Sequence databases, DNA and protein sequences, database searches
    • - historical overview, the first databases of protein and DNA sequences
    • - sequence retrieval using NCBI's Entrez
    • - fully sequenced genomes in the three kingdoms of life
    • - genomes and genome browsers
    • - fast database searches: FastA & the BLAST programs
    • Sequence analysis, pairwise and multiple sequence alignments
    • - pairwise alignments, global and local
    • - basic algorithms: Needleman-Wunch, Smith-Waterman
    • - the purpose of sequence alignments: structural, functional, evolutionary information
    • - multiple alignment programs, clustalw & muscle
    • - evolutionary trees
    • - orthologs and paralogs
    • Protein structure, structural databases, protein structure prediction
    • - The Protein Data Bank
    • - Protein structure prediction from sequence, the CASP experiments
    • - Secondary Structure analysis
    • Protein domains, protein classification systems, protein stability, alternative splicing
    • - globular domains
    • - structural classification of proteins, SCOP & CATH
    • - Alternative splicing and protein structure stability
    • Intrinsic protein disorder, prediction and functional aspects
    • - Discovery of protein disorder
    • - Predicting disorder from sequence
    • - Protein disorder in alternative splicing & cancer
    • - Organism complexity and protein disorder
    • - Functional advantages of disorder
Studijní zdroje a literatura
    doporučená literatura
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
Vyučovací jazyk
Angličtina
Odkaz a informace vyučujících
this subject is not going to be lectured during spring 2015
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012 - akreditace, jaro 2016.