PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Fakulta informatiky
jaro 2013
Rozsah
1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Rozvrh
Čt 10:00–11:50 B117
Předpoklady
Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie. Předchozí absolvování předmětů IV107, PA052 a PB050 je vítáno, nikoliv však formálně požadováno.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
předmět má 24 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
Osnova
  • Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:
  • Bioinformatika: operace na genomech, používání Markovových modelů.
  • Systémová biologie: statická analýza biologických sítí, rekonstrukce sítí genových interakcí, integrace dat; nástroje Cytoscape, Genomica, ARACNE, MAVisto.
  • U všech probíraných technik se studenti seznámí s relevantními nástroji formou praktických cvičení.
Literatura
    doporučená literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005. xix, 465. ISBN 3527310789. info
    neurčeno
  • BAUM, Jeremy O. Understanding bioinformatics. Edited by Marketa J. Zvelebil. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • Systems biology : principles, methods, and concepts. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press, 2007. 244 s. ISBN 9780824725204. info
  • WILKINSON, Darren James. Stochastic modelling for systems biology. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006. 254 s. ISBN 1584885408. info
  • Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001. xx, 336. ISBN 0262524236. info
Výukové metody
kombinace přednášek a cvičení
Metody hodnocení
Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018.

Nahoru | Aktuální datum a čas: 25. 7. 2017 12:46, 30. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému