PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Fakulta informatiky
jaro 2021
Rozsah
1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Po 12:00–13:50 Virtuální místnost
Předpoklady
Bude předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika a systémová biologie. Předchozí absolvování předmětů IV107, PA052 a PB050 je vítáno, nikoliv však formálně požadováno.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 61 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
Výstupy z učení
Po absolvování bude student schopen:
- vybrat pro daný problém vhodnou výpočetní metodu;
- analyzovat vybrané typy experimentálních dat;
- aplikovat softwarové nástroje na vybrané problémy zpracování dat;
- vytvářet a modifikovat kvalitativní model biologické sítě.
Osnova
  • Kurz bude rozdělen do dvou částí, v každé se budou studenti věnovat 1-2 oblastem:
  • Bioinformatika: operace na genomech, používání Markovových modelů.
  • Systémová biologie: statická analýza biologických sítí, rekonstrukce sítí genových interakcí, integrace dat; nástroje Cytoscape, Genomica, ARACNE, MAVisto.
  • U všech probíraných technik se studenti seznámí s relevantními nástroji formou praktických cvičení.
Literatura
    doporučená literatura
  • KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch. xix, 465. ISBN 3527310789. 2005. info
    neurčeno
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. 2008. info
  • Systems biology : principles, methods, and concepts. Edited by Andrzej K. Konopka. Boca Raton: CRC Press. 244 s. ISBN 9780824725204. 2007. info
  • WILKINSON, Darren James. Stochastic modelling for systems biology. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC. 254 s. ISBN 1584885408. 2006. info
  • Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book. xx, 336. ISBN 0262524236. 2001. info
Výukové metody
kombinace přednášek a cvičení
Metody hodnocení
Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.