IV107 Bioinformatika I

Fakulta informatiky
podzim 2015
Rozsah
2/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky
Rozvrh
St 8:00–9:50 C525
Předpoklady
Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky).
Absolvováním předmětu student získá nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači; pochopí a dokáže aplikovat vybrané přístupy k manipulaci bioinformatických dat.
Osnova
  • Historie a zaměření bioinformatiky
  • Základy molekulární biologie
  • Organizace živé hmoty
  • Struktura a funkce DNA
  • Struktura a funkce proteinů
  • Evoluce na úrovni genů a proteinů
  • Data v bioinformatice
  • Generování dat
  • Běžné formáty dat
  • Veřejná sekvenční data a přístup k nim
  • Analýza sekvence DNA
  • Analýza sekvencí proteinů
  • Hodnocení a vyhledávání podobnosti
  • Strukturní a funkční data
  • Jiná data a analýzy
  • Práce s expresními daty
  • Štěpení proteinů a hmotnostní spektra
  • Analýza dat v literatuře
  • Počítačová cvičení (4x): Zdroje dat, podobnostní vyhledávání, zobrazování molekul
Literatura
  • BAUM, Jeremy O. Understanding bioinformatics. Edited by Marketa J. Zvelebil. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • Fundamental concepts of bioinformatics. Edited by Dane E. Krane - Micheal L. Raymer. [1st ed.]. San Francisco: Benjamin Cummings, 2003. xiii, 314. ISBN 0-8053-4633-3. info
Výukové metody
přednášky, počítačová cvičení
Metody hodnocení
V průběhu semestru absolvují studenti jeden kontrolní test. Předmět bude ukončen písemní zkouškou.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/iv107.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017.

Nahoru | Aktuální datum a čas: 21. 9. 2017 07:09, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému