PřF:Bi5000c Bioinformatika - cvičení - Informace o předmětu
Bi5000c Bioinformatika - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- Ing. Miloš Musil (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Jan Dvorský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Marie Hamšíková (cvičící)
Mgr. Jana Horáčková (cvičící)
Ing. Marika Majerová (cvičící)
Mgr. Bc. Alan Strunga (cvičící)
Bc. Veronika Szotkowská (cvičící)
RNDr. Martin Toul, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Vašina, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Aneta Vašková (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (cvičící)
Ing. Jan Velecký (cvičící)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
MUDr. Jan Mičan (pomocník)
Mgr. Adam Vinco (pomocník) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- Bi5000c/01: St 13:00–14:50 B09/316, J. Damborský, I. Mašlaňová, R. Pantůček
Bi5000c/02: St 10:00–11:50 B09/316, J. Damborský, I. Mašlaňová, R. Pantůček
Bi5000c/03: St 15:00–16:50 B09/316, J. Damborský, I. Mašlaňová, R. Pantůček - Předpoklady
- Bi5000 Bioinformatika || NOW( Bi5000 Bioinformatika ) && ! Bi9061 Bioinformatika – cvičení
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 75 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 61/75, pouze zareg.: 0/75, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/75 - Mateřské obory/plány
- předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Studenti si osvojí práci s řadou bioinformatických databází a nástrojů, které jsou běžně využívány v rámci biologického a biochemického výzkumu. Hlavním cílem tohoto kurzu je poskytnout studentům praktické zkušenosti s různými bioinformatickými databázemi a softwarovými nástroji. Cvičení se řídí teorií prezentovanou během přednášek Bioinformatiky I - nukleové kyseliny a Bioinformatika II - proteiny. Budeme se zabývat různými tématy od sekvence až po strukturální bioinformatiku. Očekává se, že se studenti naučí, jak nastavit bioinformatickou analýzu a jak správně interpretovat výsledky své analýzy.
- Výstupy z učení
- Výstupem kurzu Bioinformatika - cvičení je nová znalost a praktické zkušenosti studentů s bioinformatickými databázemi a nástroji. Po absolvování kurzu budou mít studenti nezbytné know-how a dovednosti pro samostatnou realizaci bioinformatických analýz. Absolventi kurzu budou schopni správně zvolit vhodné zdroje dat a nástroje pro různé úkoly spojené s analýzou dat z biologických a biochemických experimentů.
- Osnova
- 1. Bioinformatické databáze
- 2. Manipulace se sekvenčními daty
- 3. Návrh primerů a restrikční analýza
- 4. Párové sekvenční přiložení
- 5. Mnohonásobné sekvenční přiložení
- 6. Hledání a identifikace genů
- 7. Analýza proteinových sekvencí
- 8. Anotace nukleotidové sekvence pro zaslání do databáze
- 9. Strukturní databáze
- 10. Předpověď struktury proteinů
- Literatura
- doporučená literatura
- CLAVERIE, Jean-Michel a Cedric NOTREDAME. Bioinformatics for dummies. 2nd ed. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, xviii, 436. ISBN 9780470089859. info
- Výukové metody
- cvičení v počítačové učebně
- Metody hodnocení
- Písemný test - řešení praktických úkolů
- Informace učitele
- http://loschmidt.chemi.muni.cz/bioinf
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/Bi5000c