Bi5137 Analýza starobylých proteinů

Přírodovědecká fakulta
podzim 2025

Předmět se v období podzim 2025 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 3 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Mgr. Eva Chocholová, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D. (pomocník)
Garance
doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Eva Chocholová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta (50,00 %), Výzkumná skupina Zbyňka Zdráhala – Mendelovo centrum genomiky a proteomiky rostlin – Středoevropský technologický institut (50,00 %)
Předpoklady
Bi6129 Palaeo - genomics, proteomics && Bi4020 Molekulární biologie &&3580
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Tento předmět má za cíl podrobnější seznámení studentů s oborem paleoproteomiky a možnost praktické aplikace znalostí v rámci blokových cvičení.
Výstupy z učení
Po ukončení předmětu by studenti měli být schopni:
Vysvětlit základní metodické přístupy paleoproteomiky
Pochopit rozdíly mezi metodami aplikovanými na starobylé proteiny a vybrat vhodný přístup
Připravit vzorek na analýzu pohlaví ze zubní skloviny až po konečný výstup a interpretaci
Prezentovat výsledky svého projektu a poskytnout zpětnou vazbu k projektů dalších účastníků
Osnova
  • 1. Úvod do paleoproteomiky
  • 2. Zachovalost proteinů a jejich modifikace
  • 3. Výběr a příprava vzorků na analýzy
  • 4. Extrakce a purifikace
  • 5. Hmotnostní spektrometrie
  • 6. Základy analýzy dat
  • 7. Autentifikace
  • 8. Praktický blok I – příprava vzorků
  • 9. Praktický blok II – extrakce a purifikace
  • 10. Praktický blok III – hmotnostní spektrometrie
  • 11. Praktický blok IV – analýza dat
  • 12. Minikonference
Literatura
    doporučená literatura
  • TAUROZZI, Alberto J., et al. Deep-time phylogenetic inference by paleoproteomic analysis of dental enamel. Nature Protocols, 2024, 19.7: 2085-2116.
  • KOENIG, Claire, et al. Automated high-throughput biological sex identification from archeological human dental enamel using targeted proteomics. Journal of Proteome Research, 2024, 23.11: 5107-5121.
  • WARINNER, Christina; KORZOW RICHTER, Kristine; COLLINS, Matthew J. Paleoproteomics. Chemical reviews, 2022, 122.16: 13401-13446.
  • CHOCHOLOVÁ, Eva; Dana BURIÁNKOVÁ FIALOVÁ; Kateřina NOVOTNÁ a Eva DROZDOVÁ. Průvodce analýzami zubního kamene v archeologii. Acta Musei Nationalis Pragae – Historia. Praha: Národní muzeum, 2024, roč. 78, 1-2, s. 5-14. ISSN 2570-6845. Dostupné z: https://doi.org/10.37520/amnph.2024.002. URL info
  • CHOCHOLOVÁ, Eva; Pavel ROUDNICKÝ; David POTĚŠIL; Dana FIALOVÁ; Karolína KRYŠTOFOVÁ; Eva DROZDOVÁ a Zbyněk ZDRÁHAL. Extraction Protocol for Parallel Analysis of Proteins and DNA from Ancient Teeth and Dental Calculus. Journal of Proteome Research. American Chemical Society, 2023, roč. 22, č. 10, s. 3311-3319. ISSN 1535-3893. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.3c00370. URL info
Výukové metody
Prezentace s diskuzemi, praktické laboratorní cvičení, účast na závěrečné minikonferenci
Metody hodnocení
Povinná účast, závěrečné kolokvium spojené z prezentace vlastních výsledků a odborné diskuze na probíraná témata.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2025/Bi5137