PřF:C2137 Advanced chemoinformatics and - Informace o předmětu
C2137 Advanced chemoinformatics and drug design - seminar
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející) - Garance
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- V semináři se studenti naučí a prakticky si procvičí všechny kroky, nutné pro predikci fyzikálních a chemických vlastností molekul pomocí QSPR modelů. Dále získají praxi v práci s chemoinformatickými databázemi, konkrétně se v nich naučí vyhledávat molekuly a také jejich vlastnosti. Na závěr semináře se pak studenti seznámí s nástroji pro virtuální screening a procvičí si jejich používání.
- Výstupy z učení
- Po skončení semináře bude student schopen provádět klíčové chemoinformatické analýzy, pracovat s chemoinformatickými softwarovými nástroji a využívat je v praxi.
- Osnova
- QSPR modelování: Návrh QSPR modelu pro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.). Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů. Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
- Literatura
- • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
- • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
- Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
- Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
- Výukové metody
- řešení příkladů, provádění analýzy
- Metody hodnocení
- písemný test
- Vyučovací jazyk
- Angličtina
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C2137