C9940 3-Dimensional Transmission Electron Microscopy (3DEM)

Přírodovědecká fakulta
jaro 2026
Rozsah
2/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Ing. Tibor Füzik, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jiří Nováček, Ph.D. (přednášející)
ing. Ondřej Sháněl, Ph.D. (přednášející), Mgr. Jiří Nováček, Ph.D. (zástupce)
Garance
Mgr. Jiří Nováček, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Středoevropský technologický institut
Předpoklady
FB820
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
The course will comprise lectures on advanced topics in the field of life-science (cryo-)electron microscopy (cryo-EM). The course will provide practical in-depth insight into advanced sample preparation approaches, provide detailed information about electron miscroscope construction, principles of image formation and data acquisition, and will focus on the advanced methods of cryo-EM and cryo-electron tomography data analysis.
Výstupy z učení
Following the successful completion of the course, the students shall be capable: - select optimal strategy to solve different biological problems using electron microscopy - understand the principles of electron microscopy - understand the functionality of the electron microscope - analyze single particle cryo-EM data - analyze cryo-electron tomography data
Osnova
  • 1. Advanced sample preparation approaches
  • 2. Propagation of electron wave through the microscope
  • 3. Mechanisms of contrast formation in transmission and scanning electron microscopy
  • 5. Image aberrations, image analysis in 2D
  • 6. Scanning transmission electron microscopy, energy dispersive x-ray spectroscopy, zero-loss imaging, EELS
  • 7. electron diffraction tomography, dark-field imaging, FIB/SEM microscopy
  • 8. Practical aspects of single particle analysis
  • 9. Practical aspects of cryo-electron tomography and sub-volume averaging
Výukové metody
Lectures, practicals
Metody hodnocení
Semester work, written examination
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.