E2050 Laboratorní cvičení z molekulární biologie a mikrobiologie

Přírodovědecká fakulta
jaro 2027
Rozsah
0/3/0. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
prof. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA (přednášející)
Mgr. Sabina Cerulová (cvičící)
Mgr. Natálie Mlčůchová (cvičící)
Mgr. Kateřina Navrátilová (cvičící)
Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D. (cvičící)
Ing. Lucie Frejlichová (pomocník)
Mgr. Tereza Stachurová, Ph.D. (pomocník)
Vladimíra Vraná (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Anotace
Cílem předmětu je, aby studenti znali správné návyky práce v molekulárně biologické laboratoři a pochopili význam a princip jednotlivých základních úkonů při analýze humánních, mikrobiálních a environmentálních vzorků. Studenti by v předmětu měli získat znalosti o praktickém provedení základních metodik využívaných při molekulárně biologickém a mikrobiologickém výzkumu environmentálního zdraví člověka a jeho mikrobioty.
Výstupy z učení
Student/ka bude po absolvování předmětu znát, jak vést laboratorní deník a připravit protokol. Student/ka bude znát zásady bezpečnosti práce v molekulárně biologické laboratoři. Student/ka bude umět provést základní úkony v molekulárně biologické laboratoři dle standardního operačního protokolu. Student bude znát princip metod používaných k izolaci DNA a měření její kvality a kvantity, PCR s následnou gelovou elektroforézou nebo qPCR a základní metody sekvenování. Student/ka bude umět také provést základní práce v mikrobiologické laboratoři, jako je práce s miskami, Gramovo barvení a katalázového testu.
Klíčová témata
Předmět obsahuje několik praktických úloh, ve kterých jsou zpracovávány a analyzovány humánní/environmentální vzorky. 1) Úvod do práce v molekulárně biologické laboratoři, bezpečnost práce, vedení laboratorního deníku/protokolů, odběr humánních/environmentálních a uskladnění vzorků, správný postup při designu experimentů. 2) Izolace lidské DNA fenol-chloroformovou metodou. 3) Izolace DNA z bukálního stěru pomocí kolonkové metody komerčně dostupným kitem. 4) Základní kontrolní metody při práci s DNA a porovnání výstupů z těchto měření. 5) Analýza mikrobiomu pomocí amplifikace oblasti v genu pro 16S nebo ITS rRNA metodou PCR. 6) Zhodnocení výsledku PCR pomocí gelové elektroforézy. 7) Mikrobiologické cvičení se zaměřením na základní mikrobiologické metody a monitoring. 8) Mikrobiologické cvičení – Gramovo barvení a katalázový test. 9) Stanovení bakteriální nálože ve vzorku pomocí qPCR. 10) Stanovení funkčních polymorfizmů v genu MTHFR pomocí qPCR. 11) Základní sekvenační metody. 12) Diskuze nad limitacemi analýz, hodnocení dat a jejich interpretací. Rozprava nad průběhem jednotlivých cvičení, kontrola protokolů a závěrečný test z otázek probraných v jednotlivých cvičení. Zápočet bude udělen při splnění docházky a správném vyplnění protokolů ze všech cvičení.
Studijní zdroje a literatura
  • Šmarda, J. a kol. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: MU, 2005. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Výuka probíhá formou praktického cvičení. Studenti provádějí laboratorní experimenty dle osnovy předmětu. Podklady a návody jsou pro studenty dostupné v IS.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech laboratorních úloh a odevzdání protokolů vypracovaných dle zadání.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2022, jaro 2024, jaro 2025, jaro 2026.