Informace o předmětu

Bi7550 Practical Analysis of Biological Data – Seminar

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (cvičící)

Garance

doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5560 Základy statistiky pro biol.II || Bi6050 Introduction to Biostatistics
Students are required to have their own research data at the beginning of the course.
Students need to be familiar with the R software including data manipulation and analysis, and graph plotting.
Knowledge of at least basic statistics (ANOVA, linear regression, general linear models) is required.
Besides compulsory prerequisities (Bi5560 or Bi6050), we recommend to complete some advanced course (Bi7540 or Bi7920, optionally Bi7921) before this seminar.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The course aims at guiding the students through the analysis of data originating from their own research during Master or PhD studies. The course facilitates the choosing and appropriate use of statistical tools in master/Ph.D. research and improves students’ skills in the presentation of data and analysis results. An essential aspect of the course is experience sharing among the students and discussions of the strategies of analysis.
The course specifically focuses on advanced data analyses such as multiple regression, multivariate statistics, analysis of structured data, etc. Individual topics will be discussed based on the nature of the students’ data.

Výstupy z učení

After completing the course, the students will be able to: choose an appropriate method/model, discuss, interpret, and present the results of analysis (including the graphical outputs) in a way suitable for a scientific publication.

Osnova

• 1. Introduction: presentations of students introducing their research data in the first two classes.
• 2. Group work on the data analysis. Students analyze their data and help the other with the analysis under the supervision of the course teachers. This part will extend across 2/3 of the semester.
• 3. Discussion of interesting topics and common problems of data analysis. Enriched by ad-hoc presentations contributed by teachers or students.
• 4. Presentation of the analysis results in the last two classes.

Literatura

• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 1 - 1. díl. Zobecněné lineární modely v prostředí R. 2. přepracované vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2020, 278 s. ISBN 978-80-210-9622-6. info
• ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. 1. vyd. Brno: Masarykova universita, 2012, 256 s. ISBN 978-80-210-5812-5. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• ZUUR, Alain F., Elena N. IENO a Graham M. SMITH. Analysing Ecological Data. Springer-Verlag New York, 2007, 672 s. ISBN 978-0-387-45967-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-0-387-45972-1. URL info

Výukové metody

Weekly practicals dedicated to the presentation of the research or data analysis conducted in the R software. Students are required to bring their OWN LAPTOP.

Metody hodnocení

Active participation in the practicals is required. Essay structured as methods and results sections of a research paper/thesis supported by high-quality graphical outputs based on the analysis of student’s data.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7550 Practical Analysis of Biological Data – Seminar

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (cvičící)

Garance

doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 9:00–10:50 D31/238

Předpoklady

Bi5560 Základy statistiky pro biology || Bi6050 Introduction to Biostatistics
Students are required to have their own research data at the beginning of the course.
Students need to be familiar with the R software including data manipulation and analysis, and graph plotting.
Knowledge of at least basic statistics (ANOVA, linear regression, general linear models) is required.
Besides compulsory prerequisities (Bi5560 or Bi6050), we recommend to complete some advanced course (Bi7540 or Bi7920, optionally Bi7921) before this seminar.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The course aims at guiding the students through the analysis of data originating from their own research during Master or PhD studies. The course facilitates the choosing and appropriate use of statistical tools in master/Ph.D. research and improves students’ skills in the presentation of data and analysis results. An essential aspect of the course is experience sharing among the students and discussions of the strategies of analysis.
The course specifically focuses on advanced data analyses such as multiple regression, multivariate statistics, analysis of structured data, etc. Individual topics will be discussed based on the nature of the students’ data.

Výstupy z učení

After completing the course, the students will be able to: choose an appropriate method/model, discuss, interpret, and present the results of analysis (including the graphical outputs) in a way suitable for a scientific publication.

Osnova

• 1. Introduction: presentations of students introducing their research data in the first two classes.
• 2. Group work on the data analysis. Students analyze their data and help the other with the analysis under the supervision of the course teachers. This part will extend across 2/3 of the semester.
• 3. Discussion of interesting topics and common problems of data analysis. Enriched by ad-hoc presentations contributed by teachers or students.
• 4. Presentation of the analysis results in the last two classes.

Literatura

• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 1 - 1. díl. Zobecněné lineární modely v prostředí R. 2. přepracované vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2020, 278 s. ISBN 978-80-210-9622-6. info
• ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. 1. vyd. Brno: Masarykova universita, 2012, 256 s. ISBN 978-80-210-5812-5. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• ZUUR, Alain F., Elena N. IENO a Graham M. SMITH. Analysing Ecological Data. Springer-Verlag New York, 2007, 672 s. ISBN 978-0-387-45967-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-0-387-45972-1. URL info

Výukové metody

Weekly practicals dedicated to the presentation of the research or data analysis conducted in the R software. Students are required to bring their OWN LAPTOP.

Metody hodnocení

Active participation in the practicals is required. Essay structured as methods and results sections of a research paper/thesis supported by high-quality graphical outputs based on the analysis of student’s data.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7550 Practical Analysis of Biological Data – Seminar

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (cvičící)

Garance

doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 12:00–13:50 D31/238

Předpoklady

Bi5560 Základy statistiky pro biology || Bi6050 Introduction to Biostatistics
Students are required to have their own research data at the beginning of the course.
Students need to be familiar with the R software including data manipulation and analysis, and graph plotting.
Knowledge of at least basic statistics (ANOVA, linear regression, general linear models) is required.
Besides compulsory prerequisities (Bi5560 or Bi6050), we recommend to complete some advanced course (Bi7540 or Bi7920, optionally Bi7921) before this seminar.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The course aims at guiding the students through the analysis of data originating from their own research during Master or PhD studies. The course facilitates the choosing and appropriate use of statistical tools in master/Ph.D. research and improves students’ skills in the presentation of data and analysis results. An essential aspect of the course is experience sharing among the students and discussions of the strategies of analysis.
The course specifically focuses on advanced data analyses such as multiple regression, multivariate statistics, analysis of structured data, etc. Individual topics will be discussed based on the nature of the students’ data.

Výstupy z učení

After completing the course, the students will be able to: choose an appropriate method/model, discuss, interpret, and present the results of analysis (including the graphical outputs) in a way suitable for a scientific publication.

Osnova

• 1. Introduction: presentations of students introducing their research data in the first two classes.
• 2. Group work on the data analysis. Students analyze their data and help the other with the analysis under the supervision of the course teachers. This part will extend across 2/3 of the semester.
• 3. Discussion of interesting topics and common problems of data analysis. Enriched by ad-hoc presentations contributed by teachers or students.
• 4. Presentation of the analysis results in the last two classes.

Literatura

• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 1 - 1. díl. Zobecněné lineární modely v prostředí R. 2. přepracované vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2020, 278 s. ISBN 978-80-210-9622-6. info
• ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. 1. vyd. Brno: Masarykova universita, 2012, 256 s. ISBN 978-80-210-5812-5. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• ZUUR, Alain F., Elena N. IENO a Graham M. SMITH. Analysing Ecological Data. Springer-Verlag New York, 2007, 672 s. ISBN 978-0-387-45967-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-0-387-45972-1. URL info

Výukové metody

Weekly practicals dedicated to the presentation of the research or data analysis conducted in the R software. Students are required to bring their OWN LAPTOP.

Metody hodnocení

Active participation in the practicals is required. Essay structured as methods and results sections of a research paper/thesis supported by high-quality graphical outputs based on the analysis of student’s data.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7550 Practical Analysis of Biological Data – Seminar

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.

Vyučující

Mgr. Kateřina Kintrová, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (cvičící)

Garance

doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 12:00–13:50 D31/238

Předpoklady

Bi5560 Základy statistiky pro biology || Bi6050 Introduction to Biostatistics
Students are required to have their own research data at the beginning of the course.
Students need to be familiar with the R software including data manipulation and analysis, and graph plotting.
Knowledge of at least basic statistics (ANOVA, linear regression, general linear models) is required.
Besides compulsory prerequisities (Bi5560 or Bi6050), we recommend to complete some advanced course (Bi7540 or Bi7920, optionally Bi7921) before this seminar.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The course aims at guiding the students through the analysis of data originating from their own research during Master or PhD studies. The course facilitates the choosing and appropriate use of statistical tools in master/Ph.D. research and improves students’ skills in the presentation of data and analysis results. An essential aspect of the course is experience sharing among the students and discussions of the strategies of analysis.
The course specifically focuses on advanced data analyses such as multiple regression, multivariate statistics, analysis of structured data, etc. Individual topics will be discussed based on the nature of the students’ data.

Výstupy z učení

After completing the course, the students will be able to: choose an appropriate method/model, discuss, interpret, and present the results of analysis (including the graphical outputs) in a way suitable for a scientific publication.

Osnova

• 1. Introduction: presentations of students introducing their research data in the first two classes.
• 2. Group work on the data analysis. Students analyze their data and help the other with the analysis under the supervision of the course teachers. This part will extend across 2/3 of the semester.
• 3. Discussion of interesting topics and common problems of data analysis. Enriched by ad-hoc presentations contributed by teachers or students.
• 4. Presentation of the analysis results in the last two classes.

Literatura

• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 1 - 1. díl. Zobecněné lineární modely v prostředí R. 2. přepracované vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2020, 278 s. ISBN 978-80-210-9622-6. info
• ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
• PEKÁR, Stanislav a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. 1. vyd. Brno: Masarykova universita, 2012, 256 s. ISBN 978-80-210-5812-5. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
• ZUUR, Alain F., Elena N. IENO a Graham M. SMITH. Analysing Ecological Data. Springer-Verlag New York, 2007, 672 s. ISBN 978-0-387-45967-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-0-387-45972-1. URL info

Výukové metody

Weekly practicals dedicated to the presentation of the research or data analysis conducted in the R software. Students are required to bring their OWN LAPTOP.

Metody hodnocení

Active participation in the practicals is required. Essay structured as methods and results sections of a research paper/thesis supported by high-quality graphical outputs based on the analysis of student’s data.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 8:00–11:50 B09/316

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: vztah mezi funkčními vlastnostmi druhů a prostředím (analýza vážených průměrů, problém čtvrtého rohu (fourth-corner problem), RLQ).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas. Studijní materiály budou tato témata zahrnovat v každém případě.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky v angličtině, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Informace učitele

http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:anadat-r

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 8:00–11:50 B09/316

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 B09/316

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Systematická biologie a ekologie (program PřF, B-BI, směr Systematická botanika a geobotanika)
• Systematická biologie a ekologie (program PřF, B-BI, směr Systematická zoologie a ekologie)
• Systematická biologie a ekologie (program PřF, N-BI, směr Botanika)
• Systematická biologie a ekologie (program PřF, N-BI, směr Zoologie)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Betadiverzita, matice podobností, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Doplňkové metody (např. Beals smoothing, analýza diverzity - rarefaction, atd.)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• CRAWLEY, Michael J. The R book. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, viii, 942. ISBN 9780470510247. URL info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období jaro 2021 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2020 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2019 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období jaro 2019 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: Náplň předmětu včleněna do Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2018 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období jaro 2018 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2017 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2016 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období jaro 2016 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev || NOW ( Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev )
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• Úvod, import dat, knihovna vegan, doporučené reference, informace o zkoušce a závěrečné práci.
• Nepřímá ordinace (CA, PCA, DCA, PCoA, NMDS, ordinační diagramy, proměnné prostředí v nepřímé ordinaci).
• Přímá ordinace (RDA, CCA, db-RDA).
• Monte Carlo permutační test, postupný výběr proměnných, rozklad variance.
• Numerická klasifikace (hierarchická a nehierarchická klasifikace, dendrogram, hodnocení výsledné klasifikace, stanovení indikačních druhů).
• Navíc: vztah mezi funkčními vlastnostmi druhů a prostředím (analýza vážených průměrů, problém čtvrtého rohu (fourth-corner problem), RLQ).
• Navíc: Analýza diverzity (alfa a beta diverzita, rarefakční křivky). Poznámka: Témata "navíc" budou zařazena do výuky pokud o ně budou účastníci kurzu mít zájem a pokud na ně zbyde v hodinovém rozpočtu přednášky čas. Studijní materiály budou tato témata zahrnovat v každém případě.

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky v angličtině, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Vyučovací jazyk

Angličtina

Informace učitele

http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:anadat-r

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2015 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět již není vypisován.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2014 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období jaro 2014 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Botanika (program PřF, N-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Botanika)
• Ekologická a evoluční biologie (program PřF, B-EB, směr Zoologie)
• Zoologie (program PřF, N-EB)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2013 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru, z formálních důvodů je ale třeba požádat mě o výjimku, kterou automaticky schválím), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.). V případě, že si předmět zapíšou i studenti, kteří s eRkem nemají praktickou zkušenost, zařadím do programu na začátek jednu přednášku v podobě "instantní nalejvárny eRka", která by měla zajistit základní znalosti používání eRka pro účely této přednášky.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Ekologická podobnost, míry nepodobnosti, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Indexy diverzity (alfa a beta diverzita)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část. Přednáška bude probíhat jednou za dva týdny v počítačovně v Bohunicích, přímo před zapnutým počítačem. Základem studijních materiálů jsou webové stránky, které obsahují detailní přehled probíraných metod včetně návodů ke cvičením i jejich řešení.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Informace učitele

http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/wiki/anadat-r/doku.php?id=cs:start

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2012 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období jaro 2012 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy dat z ekologie společenstev v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Betadiverzita, matice podobností, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Doplňkové metody (např. Beals smoothing, analýza diverzity - rarefaction, atd.)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• CRAWLEY, Michael J. The R book. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, viii, 942. ISBN 9780470510247. URL info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2011 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2010 nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev (oba předměty je možné zapsat si najednou v jednom semestru), oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Úvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Systematická biologie a ekologie (program PřF, B-BI, směr Systematická botanika a geobotanika)
• Systematická biologie a ekologie (program PřF, B-BI, směr Systematická zoologie a ekologie)
• Systematická biologie a ekologie (program PřF, N-BI, směr Botanika)
• Systematická biologie a ekologie (program PřF, N-BI, směr Zoologie)

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Betadiverzita, matice podobností, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Doplňkové metody (např. Beals smoothing, analýza diverzity - rarefaction, atd.)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• CRAWLEY, Michael J. The R book. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, viii, 942. ISBN 9780470510247. URL info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Kurz je zaměřen na použití programu R pro analýzu dat v ekologii společenstev. Navazuje přímo na předmět Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev, oproti kterému je zaměřen více prakticky - předpokládám, že teoretické znalosti si (alespoň do určité míry) studenti přinesou z tohoto nebo podobných předmětů. Před zapsáním tohoto předmětu by měl student také mít alespoň minimální základy praktického používání Rka, které může získat samostudiem nebo absolvováním některého z předmětů zaměřených na práci v R (Bi7560 Uvod do R, Bi8190 Vizualizace biologických dat, Bi7920 Zpracování biologických dat aj.).

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurz by měl pomocí praktických cvičení studenta naučit, jak zpracovat různé typy ekologických dat v prostředí programu R a také jak se v používání tohoto programu dále zdokonalovat. Rko není jen náhradou za PC-ORD či CANOCO - přináší mnohem víc, počínaje prakticky neomezenými možnostmi při výběru statistických metod až po tvůrčí svobodu, která vám dovolí dělat si s daty prakticky cokoliv.

Osnova

• 1. Úvod do problematiky, základní manipulace s daty, seznámení s knihovnami vegan a labdsv, doporučená literatura 2. Betadiverzita, matice podobností, Mantel test 3. Metody numerické klasifikace 4. Metody nepřímé ordinace, popis mnohorozměrných dat 5. Metody přímé ordinace, testování hypotéz 6. Klasifikační a regresní stromy 7. Doplňkové metody (např. Beals smoothing, analýza diverzity - rarefaction, atd.)

Literatura

• Oksanen J. (2010): Multivariate analysis of ecological communities in R: vegan tutorial. URL: http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf
• Roberts, D.V. (2009): R labs for vegetation ecologists. URL: http://ecology.msu.montana.edu/labdsv/R/
• CRAWLEY, Michael J. The R book. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, viii, 942. ISBN 9780470510247. URL info

Výukové metody

Přednášky budou spočívat v kombinaci teoretických částí, zaměřených na seznámení se s jednotlivými metodami, a praktických částí, kdy budou tyto metody použity na reálných datech. Důraz bude kladen především na praktickou část.

Metody hodnocení

Ke konci semestru studenti vypracují semestrální práci, která bude spočívat v analýze vlastních (případně vypůjčených) dat pomocí některé z probíraných metod. Kurz bude ukončen ústní zkouškou, která bude mít formu diskuse nad semestrální prací, doplněné dalšími dobře mířenými otázkami. V průběhu semestru bude zadáno několik domácích úkolů na procvičení některých metod.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2011 - akreditace nevypisuje.

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R

Předmět se v období podzim 2010 - akreditace nevypisuje.

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. David Zelený, Ph.D. (přednášející)

Garance

Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.

Předpoklady

Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jaro 2011, 2013, ...
Výuka probíhá každý druhý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)