Bi8202 Kurz základů proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2003
Rozsah
1/2/0. 1 týden. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti získají praktickou znalost vysokoúčinných, vysokorozlišovacích technik separace a identifikace proteinů v komplexních biologických vzorcích, které jsou základem globální analýzy exprese genomu na úrovni jeho proteinového komplementu - proteomu. Dále budou zvládnuty základní techniky strukturní biologie proteinů - produkce fúzních eukaryontních proteinů v bakteriích, jednokroková afinitní purifikace a základní strukturní a funkční charakterizace.
Osnova
  • Úvod k analýze proteomu. Metody analýzy proteomu. Elektroforetické techniky - 1-D, 2-D PAGE, IEF. Hmotnostní spektrometrie - MALDI-TOF, ESI-MS. Proteomické databáze. Technologie rekombinantních proteinů. Sekvenační analýza DNA. Chromatografické techniky. Efekty proteinových fúzí. Techniky analýzy obrazu.
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických kurzů (Kurz základů genomiky - podzimní semestr, Kurz základů proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR disponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.