Bi8202 Kurz základů proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2006
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: kz.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející), prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D. (zástupce)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti získají praktickou znalost vysokoúčinných, vysokorozlišovacích technik separace a identifikace proteinů v komplexních biologických vzorcích, které jsou základem globální analýzy exprese genomu na úrovni jeho proteinového komplementu - proteomu. Dále budou zvládnuty základní techniky strukturní biologie proteinů - produkce fúzních eukaryontních proteinů v bakteriích, jednokroková afinitní purifikace a základní strukturní a funkční charakterizace.
Osnova
  • Úvod k analýze proteomu. Metody analýzy proteomu. Elektroforetické techniky - 1-D, 2-D PAGE, IEF. Hmotnostní spektrometrie - MALDI-TOF, ESI-MS. Proteomické databáze. Technologie rekombinantních proteinů. Sekvenační analýza DNA. Chromatografické techniky. Efekty proteinových fúzí. Techniky analýzy obrazu.
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických kurzů (Kurz základů genomiky - podzimní semestr, Kurz základů proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR disponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.