Bi8190 Vizualizace biologických dat

Přírodovědecká fakulta
jaro 2010
Rozsah
0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. David Zelený, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Rozvrh
St 8:00–9:50 F01B1/709, St 8:00–9:50 COMPBR
Předpoklady
Kurz Vizualizace biologických dat má dva základní cíle: 1) seznámit studenty se základy a moderními trendy ve vizualizaci vědeckých dat (jak by měl správně vypadat graf, aby byl přehledný a informativní zároveň, jaké jsou možnosti zobrazení různých typů dat, jaké jsou vhodné grafické formáty atd.), a 2) naučit studenty, jak jednotlivé jednodušší i složitější grafy vytvořit v programu R. Ve své podstatě je kurz poměrně technicky zaměřen a probíhá jako praktické cvičení u počítače se spuštěným Rkem, proložené teoretickými "půlhodinkami". Kurz zahrnuje výuku základů ovládání programu R, a jako takový je doporučenou prerekvizitou kurzu Bi7920 Zpracování biologických dat - oba kurzy jsou zaměřeny na práci s Rkem, ale zatímco Zpracování biologických dat se věnuje analytickému zpracování dat, kurz Vizualizace je zaměřen na grafickou prezentaci dat. Výhodou je předchozí absolvování kurzů Bi5040 Biostatistika - základní kurz, Bi6549 Zpracování základních botanických dat a Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: původně byla kapacita předmětu omezena kapacitou počítačovny v Řečkovicích, po přesunu do Bohunic toto omezení padá
Mateřské obory/plány
Anotace
Kurz by měl studenty naučit, jak efektně a přehledně prezentovat data v grafické podobě v podobě grafů vytvořených v prostředí programu R.
Klíčová témata
  • 1) Základy práce s programem R (formou "simple idiot's guide").
  • 2) Jednoduché grafy (boxploty, histogramy, scatterploty).
  • 3) Barvy - které kombinace nelze použít, jak barvu v Rku namíchat, kdy barvu používat a kdy ne.
  • 4) Formáty obrázků - použít radši jpg, bmp, tiff, nebo snad pdf či eps?
  • 5) Pokročilejší zobrazení dat - trellis diagramy, ordinační diagramy, 3D grafika.
  • 6) Jak vytvořit grafy podle vlastních představ?
Studijní zdroje a literatura
  • MURRELL, Paul. R graphics. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC, 2006, xix, 301. ISBN 158488486X. info
  • URL: http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Výuka bude probíhat v počítačovně v Bohunicích přímo u zapnutého počítače s Rkem - co se studenti dozvědí, to si ihned vyzkouší. První hodinu věnujeme shrnutí toho, co můžou studenti od předmětu očekávat a co naopak ne, abychom zabránili potenciálnímu zklamání z nenaplněných očekávání. V průběhu kurzu budou zadány 3 domácí úkoly. Aktivní účast na přednáškách není povinná, nicméně je vřele doporučená - učební křivka pro program R je zejména zpočátku poměrně strmá a komu ujede vlak, ten ho už nemusí chytit. Na závěr kurzu si každý student vyzkouší vizuální zpracování vlastních nebo zapůjčených dat.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Poslední dvouhodinu věnujeme "workshopu", na kterém bude každý prezentovat výsledky svojí práce, s následnou diskusí na téma co mohlo být uděláno líp a co hůř. Na základě této prezentace (a alespoň dvou odevzdaných domácích úkolů) bude udělován zápočet.
Odkaz a informace vyučujících
http://sci.muni.cz/botany/zeleny/vizualizace
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: v jarním semestru sudých let (2008, 2010, ...).
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2024, podzim 2025, podzim 2026.