EN

PřF:Bi8190 Vizualizace biologických dat - Informace o předmětu

Bi8190 Vizualizace biologických dat

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. David Zelený, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. David Zelený, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. David Zelený, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Kurz Vizualizace biologických dat má dva základní cíle: 1) seznámit studenty se základy a moderními trendy ve vizualizaci vědeckých dat (jak by měl správně vypadat graf, aby byl přehledný a informativní zároveň, jaké jsou možnosti zobrazení různých typů dat, jaké jsou vhodné grafické formáty atd.), a 2) naučit studenty, jak jednotlivé jednodušší i složitější grafy vytvořit v programu R. Ve své podstatě je kurz poměrně technicky zaměřen a probíhá jako praktické cvičení u počítače se spuštěným Rkem, které je proložené teoretickými "půlhodinkami". Vhodnou prerekvizitou kurzu je Bi7560 Úvod do R, není však podmínkou - na úvod kurzu budou studenti se základy programování v eRku seznámeni. Kurz se doplňuje s kurzy Bi7920 Zpracování biologických dat a Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R, které jsou také zaměřeny na práci s eRkem (zatímco Bi7920 Zpracování biologických dat se věnuje analytickému zpracování jednorozměrných dat a Bi7550 Analýza dat v ekologii společenstev v programu R se zabývá daty mnohorozměrnými, kurz Vizualizace je zaměřen na grafickou prezentaci dat). Výhodou je také předchozí absolvování kurzu Bi5040 Biostatistika - základní kurz.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Jiné omezení: kapacita je omezená velikostí počítačovny v Řečkovicích, ideální stav je jeden počítač - jeden student, v případě většího zájmu jeden počítač - dva studenti nebo rozdělení na dvě skupiny.
Mateřské obory
Cíle předmětu
Kurz by měl studenty naučit, jak efektně a přehledně prezentovat data v grafické podobě v podobě grafů vytvořených v prostředí programu R.
Osnova
  • 1) Základy práce s programem R (formou "simple idiot's guide").
  • 2) Jednoduché grafy (boxploty, histogramy, scatterploty).
  • 3) Barvy - které kombinace nelze použít, jak barvu v Rku namíchat, kdy barvu používat a kdy ne.
  • 4) Formáty obrázků - použít radši jpg, bmp, tiff, nebo snad pdf či eps?
  • 5) Pokročilejší zobrazení dat - trellis diagramy, ordinační diagramy, 3D grafika.
  • 6) Jak vytvořit grafy podle vlastních představ?
Literatura
  • MURRELL, Paul. R graphics. Boca Raton, Fla.: Chapman & Hall/CRC, 2006. xix, 301. ISBN 158488486X. info
  • URL: http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
Výukové metody
Výuka bude probíhat v počítačovně v Bohunicích přímo u zapnutého počítače s Rkem - co se studenti dozvědí, to si ihned vyzkouší. První hodinu věnujeme shrnutí toho, co můžou studenti od předmětu očekávat a co naopak ne, abychom zabránili potenciálnímu zklamání z nenaplněných očekávání. V průběhu kurzu budou zadány 3-4 domácí úkoly. Aktivní účast na přednáškách není povinná, nicméně je vřele doporučená - učební křivka pro program R je zejména zpočátku poměrně strmá a komu ujede vlak, ten ho už nemusí chytit. Na závěr kurzu si každý student vyzkouší vizuální zpracování vlastních nebo zapůjčených dat.
Metody hodnocení
Poslední dvouhodinu věnujeme "workshopu", na kterém bude každý prezentovat výsledky svojí práce, s následnou diskusí na téma co mohlo být uděláno líp a co hůř. Na základě této prezentace bude udělován zápočet.
Informace učitele
http://sci.muni.cz/botany/zeleny/vizualizace
Další komentáře
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: v jarním semestru sudých let (2008, 2010, ...).
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2010, jaro 2012, jaro 2014, podzim 2016, podzim 2018.