PřF:C8855 Počítač.chem. a molek.model II - Informace o předmětu
C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II
Přírodovědecká fakultajaro 2011
- Rozsah
- 1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
- Vyučující
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. - Rozvrh
- Čt 9:00–9:50 C04/211
- Předpoklady
- Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
- Osnova
- 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.
- Literatura
- Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
- JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
- HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
- FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info
- Výukové metody
- Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.
- Metody hodnocení
- Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (jaro 2011, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2011/C8855