Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Přírodovědecká fakulta
jaro 2017
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)
Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
Mgr. Petr Šmarda, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20
Mateřské obory/plány
předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit
Anotace
Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, jednorozměrné i mnohorozměrné, zaměřené na analýzu dat s časovými, prostorovými a fylogenetickými korelacemi (LME, GLS, GEE), jakož i modely s nelineárním prediktorem (NLS, GNLS, NLME, GAM).
Výstupy z učení
Student bude umět: - naplánovat design stduie - použít pokročilé statistické metody
Klíčová témata
1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3)Náhodné efekty. 4) Modely s časovou závislostí. 5) Modely s prostorovou závislostí. 6) Modely s fylogenetickou závislostí. 7) Smíšené modely typu GLS, LME a GEE. 8) Modely s nelinárním prediktorem (NLS, GNLS). 9) Modely s náhodným efektem a nelinárním prediktorem (NLME). 10) Aditivní modely (GAM).
Studijní zdroje a literatura
  • Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.
  • Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag.
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená. Závěrečná zkouška je ústní.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2019, jaro 2021, jaro 2023, jaro 2025, jaro 2027.