E5020 Analýza necílených dat z MS

Přírodovědecká fakulta
jaro 2025
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Helge Hecht, M.Sc. (přednášející)
Elliott James Price, PhD (přednášející)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Vlad Popovici, PhD (přednášející)
Garance
Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Ing. Vlad Popovici, PhD
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Fundamental understanding of separation methods (chromatography) and mass spectrometry;
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The aim of this course is to teach students (i) the fundamentals of mass spectrometry data acquired for non-target studies, (ii) theory behind methods and algorithms (iii) how to use the knowledge gained to choose software tools to process data.
Výstupy z učení
At the end of this course, the students: - know the principles of mass spectrometry - know different approaches to separation and detection of molecules with a focus on liquid and gas chromatography - know basic data formats used in MS data processing - based on data type, methodology used and molecule type, select methods and algorithms for data pre-processing (normalization, filtering of signal, deconvolution, peak detection,...) and apply it to the data - are able to work with specialized SW and platforms for MS data analysis using Galaxy
Osnova
  • 1. Fundamentals of Instrumental Analysis (Chromatography, Mass Spectrometry); 2. Fundamentals of applications and experiment design (-omics, sample specifics, hypothesis); 3. Instrumental methods & data characteristics (acquisition methods, terminology, data characteristics); 4. Methods and algorithms for MS data processing 5. Software for MS Data processing; The exacts content of each class is announced in the interactive syllabus each semester.
Literatura
    doporučená literatura
  • PETERS, K, J BRADBURY, S BERGMANN, M CAPUCCINI, M CASCANTE, Atauri P DE, TMD EBBELS, C FOGUET, R GLEN, A GONZALEZ-BELTRAN, UL GUNTHER, E HANDAKAS, T HANKEMEIER, K HAUG, S HERMAN, Petr HOLUB, M IZZO, D JACOB, D JOHNSON, F JOURDAN, N KALE, I KARAMAN, B KHALILI, PE KHONSARI, K KULTIMA, S LAMPA, A LARSSON, C LUDWIG, P MORENO, S NEUMANN, JA NOVELLA, O Donovan C, JTM PEARCE, A PELUSO, ME PIRAS, L PIREDDU, MAC REED, P ROCCA-SERRA, P ROGER, A ROSATO, R RUEEDI, C RUTTKIES, N SADAWI, RM SALEK, SA SANSONE, V SELIVANOV, O SPJUTH, D SCHOBER, EA THEVENOT, M TOMASONI, M VAN RIJSWIJK, M VAN VLIET, MR VIANT, RJM WEBER, G ZANETTI a C STEINBECK. PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud. GIGASCIENCE. OXFORD: OXFORD UNIV PRESS, 2019, roč. 8, č. 2, 12 s. ISSN 2047-217X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giy149. URL info
  • Mass spectrometry in metabolomics : methods and protocols. Edited by Daniel Raftery. New York: Humana Press, 2014, xvi, 360. ISBN 9781493912575. info
    neurčeno
  • SKOOG, Douglas A., F. James HOLLER a Stanley R. CROUCH. Principles of instrumental analysis. Seventh edition. Boston: Cengage Learning, 2018, xx, 959. ISBN 9781305577213. info
  • GROSS, Jürgen H. Mass spectrometry : a textbook. Edited by Peter Roepstorff. 2nd ed. Berlin: Springer, 2011, xxiv, 753. ISBN 9783642107092. info
Výukové metody
The course is taught in English.
Metody hodnocení
written test
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
https://www.recetox.muni.cz/en/services/data-services-2/spectrometric-data-processing-and-analysis
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2023, jaro 2024.