Bi7540 Zpracování dat v ekologii společenstev

Přírodovědecká fakulta
podzim 2003
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Milan Chytrý, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Milan Chytrý, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Milan Chytrý, Ph.D.
Předpoklady
(Bi5040 Biostatistika - základní kurz || B5040 Biostatistika) && (!B7540 Zpracování dat v ekologii společenstev)
Pro dobré porozumění probírané látce je vhodné absolvovat předmět B5040 Biostatistika. Užitečné, nikoliv ale nezbytné, je dřívější absolvování předmětu B6549 Metody fytocenologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Anotace
V předmětu jsou probírány základní statistické metody zpracování dat o druhovém složení rostlinných nebo živočišných společenstev, bez ohledu na jejich taxonomické vymezení. Hlavní důraz je kladen na numerické klasifikační a ordinační metody a na hodnocení vztahů mezi druhovým složením společenstva a faktory prostředí. Součástí předmětu je výuka příslušných metod pomocí standardních počítačových programů, např. PC-ORD, SYN-TAX, CANOCO, SPSS a další.
Klíčová témata
1. Úvod k metodám ekologie společenstev. 2. Sběr dat v terénu: rozmístění sběrných míst, velikost a tvar ploch, velikost vzorku. 3. Sledované kvantitativní znaky: frekvence, denzita, pokryvnost, bazální plocha, biomasa; typy kvantitativních dat. 4. Měření diverzity: indexy diverzity a ekvitability. 5. Úprava dat pro numerické zpracování: redukce, transformace, standardizace. 6. Koeficienty podobnosti vzorků 7. Numerická klasifikace: aglomerativní metody a shlukovací algoritmy, divizivní monotetická klasifikace a TWINSPAN. Demonstrace klasifikačních metod v programech PC-ORD a SYN-TAX. 8. Teorie gradientové analýzy: lineární a unimodální model, přímá a nepřímá gradientová analýza, faktory prostředí. 9. Regresní modely: lineární regrese, vážené průměrování, mnohonásobná regrese. Demonstrace regresních metod v programu SPSS. 10. Kalibrace, bioindikace a indikační hodnoty druhů. 11. Ordinace: analýza hlavních komponent (PCA), korespondenční analýza (CA) a detrendovaná korespondenční analýza (DCA). Demonstrace ordinačních metod v programu CANOCO. 12. Ordinace s omezením: redundanční analýza (RDA) a kanonická korespondenční analýza (CCA), testování významnosti faktorů prostředí. Demonstrace těchto metod v programu CANOCO. 13. Úprava a analýza ordinačních diagramů v programu CANODRAW. 14. Hodnocení ekologických pokusů, srovnávacích studií společenstev a změn společenstev v čase pomocí ordinace s omezením. Rozbor případových studií.
Studijní zdroje a literatura
  • LEPŠ, Jan a Petr ŠMILAUER. Multivariantní analýza ekologických dat. 2001. info
  • HERBEN, Tomáš a Zuzana MÜNZBERGOVÁ. Zpracování geobotanických dat v příkladech. Část I. Data o druhovém složení. http://www.natur.cuni.cz/~botanika/, 2001. info
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Ve výuce je vysvětlována teorie a předváděny počítačové programy. K zápočtu student zpracovává soubor dat, buď svých vlastních nebo dat od učitele, pomocí probíraných klasifikačních a ordinačních metod. Zpracované analýzy předkládá ve formě krátké zprávy v angličtině. K zápočtu je rovněž požadována teorie v pozadí jednotlivých metod.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, podzim 2002, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, podzim 2011 - akreditace, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025, podzim 2026.