CG030 Struktura a funkce proteinových komplexů

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Studenti by měli získat základní informace o proteinech a proteinových komplexech. Měli by se seznámit s příklady nejznámějších molekulárních komplexů a porozumět jejich funkčnímu uspořádání.
Osnova
  • Základy a principy strukturní proteomiky (JP)
  • Úvod – stavba a vlastnosti, syntéza proteinů, skládání – strukturní úrovně, domény, podjednotky a tvorba komplexů, skládání komplexů do velkých funkčních jednotek
  • Metody studia proteinů (JM)
  • Elektroforetické metody, hmotnostní spektrometrie, metody strukturní analýzy (CD, krystalografie, NMR), modelování struktur
  • Proteinové interakce (JP a JM)
  • Proteinové domény, proteinové povrchy, protein-proteinová vazba, DNA-protein, RNA-protein, ligand-protein, metody studia proteinových interakcí (dvojhybridní systémy, pull-down assay, NMR, crosslinking), protein networks
  • Přechodné proteinové interakce (JP)
  • Přechodné interakce, přenos signálu, transport
  • Modifikace proteinů (JP)
  • Protoproteiny, sestřih proteinů, post-translační modifikace proteinů, glykoproteiny, fosforylace, metylace, acetylace, ubiquitinace, SUMOylace
  • Proteinové komplexy a jejich funkce (JP a JM)
  • Chromatinové komplexy (nukleosom, SMC komplexy, shelterin), membránové struktury, proteinové „stroje“ (ribosom)
  • Metody studia proteinových komplexů (JM)
  • Frakcionace, imunoprecipitace, TAP-tag, crosslinking, hmotnostní spektrometrie
  • Evoluce biomakromolekul (JP)
  • Evoluce a koevoluce proteinů, neofunkcionalizace proteinů a komplexů
Výukové metody
výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu.
Metody hodnocení
zkouška ústní
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.