Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Předpoklady
! Bi6901 Structural Biology - practice
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Cílem cvičení je osvojit si praktické využití volně dostupných webových serverů, programů a databází ke studiu struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
Osnova
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, strukturní databáze PDB, PDBsum, EDS, NDB.
  • 3. Vizualizace struktur – možnosti zobrazení, dostupné programy.
  • 4. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 5. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 6. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 7. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
  • 8. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 10. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 11. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 12. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
Výukové metody
samostatné cvičení v počítačové učebně
Metody hodnocení
písemný test
Další komentáře
Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.