PřF:Bi9410c Strukturní biologie - cvičení - Informace o předmětu
Bi9410c Strukturní biologie - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2011 - akreditace
Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
- Vyučující
- Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. - Předpoklady
- ! Bi6901 Structural Biology - practice
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Cílem cvičení je osvojit si praktické využití volně dostupných webových serverů, programů a databází ke studiu struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
- Osnova
- 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii.
- 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, strukturní databáze PDB, PDBsum, EDS, NDB.
- 3. Vizualizace struktur – možnosti zobrazení, dostupné programy.
- 4. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
- 5. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
- 6. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
- 7. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
- 8. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 9. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 10. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 11. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
- 12. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
- Literatura
- Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
- Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
- Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
- Výukové metody
- samostatné cvičení v počítačové učebně
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Předmět již není vypisován.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (podzim 2011 - akreditace, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2011-akreditace/Bi9410c