Bi9410c Strukturní biologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2014
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 18:00–19:50 B09/316
Předpoklady
NOW( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů
Osnova
  • 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
  • 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
  • 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
  • 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
  • 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
  • 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
  • 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
  • 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
  • 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
Literatura
  • Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
  • Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
  • Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
Výukové metody
samostatné cvičení v počítačové učebně
Metody hodnocení
písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.