C2115 Praktický úvod do superpočítání

Přírodovědecká fakulta
podzim 2012
Rozsah
0/2. 2 kr. Ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící)
Garance
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C2110 UNIX a programování
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 42 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/42, pouze zareg.: 0/42, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/42
Mateřské obory/plány
předmět má 27 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět je primárně určen pro studenty věnující se výpočtům v oblasti biochemie, chemie i biofyziky (mateřský obor Chemoinformatika a bioinformatika). Cílem předmětu je zvýšení schopnosti studentů efektivně využívat dostupných výpočetních zdrojů a má za úkol rozvíjet základní znalosti ze skriptování ve smyslu analýzy získaných dat. Zároveň je ve výuce kladen důraz na praktickou aplikaci dostupného software, ať již komerčního, nebo vyvíjeného na Národním centru pro výzkum biomolekul.
Osnova
  • Stručný úvod do UNIXu. Seznámení se s prostředím výpočetního clusteru (struktura, stavba, software) – cluster WOLF, registrace uživatelů do MetaCentra

  • Seznámení s prostředím MetaCentra, systém modulů, úvod do rozhraní na správu výpočetních úloh (torque, Pbspro) – Infinity.

  • Metodika testování použitelnosti software pro paralelní spouštění, efektivní správa výpočetních úloh; procvičování praktických úkolů v rozhraní Infinity na specifických výpočtech studentů

  • Analýza získaných dat, využití znalostí ze skriptování pro zjednodušení správy výpočetních úloh a násobné spouštění výpočtů

  • Diskuse praktických problémů

Literatura
  • Dokumentace MetaCentra, software Infinity
Výukové metody
výuka v počítačové učebně
Metody hodnocení
závěrečný test
Navazující předměty
Informace učitele
Předmět bude vyučován blokově.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021.