Bi5130c Základy práce s lidskou aDNA cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi5130c/01: Čt 13:00–14:50 D36/347, K. Brzobohatá
Bi5130c/02: Čt 15:00–16:50 D36/347, K. Brzobohatá
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 16 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/16, pouze zareg.: 0/16
Mateřské obory/plány
předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je získání praktických dovedností analýzy lidské starobylé DNA - výběr vhodného vzorku, ošetření a očištění zvolené tkáně, izolace DNA, amplifikace aDNA, sekvenace aDNA a hodnocení výsledků. Studenti se také naučí pracovat za protikontaminačních opatření.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování přemetu schopen: - vybrat vhodnou část lidského skeletu pro analýzu aDNA a příslušnými metodami ji separovat - očistit a ošetřit vybranou tkáň tak, aby minimalizoval nebezpečí kontaminace recentní DNA - historickou kost lyzovat a purifikovat z ní aDNA - zvolit protokol amplifikace pro danou cílovou sekvenci (design primerů, modifikace PCR...) - vizualizovat produkty PCR a enzymaticky je přečistit pro sekvenování - zhodnotit získanou sekvenci a interpretovat ji i v historických souvislostech
Osnova
  • Odběr tkáně, očištění vzorku, lyzace kostní tkáně Izolace aDNA Amplifikace HVR I mtDNA ELFO, příprava vzorku na sekvenaci Hodnocení výsledků
Literatura
  • HUMMEL, Susanne. Ancient DNA typing : methods, strategies and applications. Berlin: Springer, 2010, xii, 298. ISBN 9783642077050. info
Výukové metody
Laboratorní cvičení
Metody hodnocení
Odevzdaný protokol, v němž bude uvedeno: - použitý materiál a metody - fotografie analyzovaných vzorků, určení jejich zachovalosti - snímek ELFO produktů PCR, zhodnocení úspěšnosti reakce - elektroforetofram získaných sekvencí - shrnutí získané sekvence - zasazení do historického kontextu (např. mtDNA)
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2017, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2024.