Bi5130c Základy práce s lidskou aDNA cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Mgr. Eva Chocholová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. et Mgr. Lenka Falk, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. et Mgr. Lenka Falk, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. et Mgr. Lenka Falk, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 16 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/16, pouze zareg.: 0/16
Mateřské obory/plány
předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je získání praktických dovedností analýzy lidské starobylé DNA - výběr vhodného vzorku, ošetření a očištění zvolené tkáně, izolace DNA, amplifikace aDNA, sekvenace aDNA a hodnocení výsledků. Studenti se také naučí pracovat za protikontaminačních opatření.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování přemetu schopen: - vybrat vhodnou část lidského skeletu pro analýzu aDNA a příslušnými metodami ji separovat - očistit a ošetřit vybranou tkáň tak, aby minimalizoval nebezpečí kontaminace recentní DNA - historickou kost lyzovat a purifikovat z ní aDNA - zvolit protokol amplifikace pro danou cílovou sekvenci (design primerů, modifikace PCR...) - vizualizovat produkty PCR a enzymaticky je přečistit pro sekvenování - zhodnotit získanou sekvenci a interpretovat ji i v historických souvislostech
Osnova
Odběr tkáně, očištění vzorku, lyzace kostní tkáně Izolace aDNA Amplifikace HVR I mtDNA ELFO, příprava vzorku na sekvenaci Hodnocení výsledků
Literatura
  • HUMMEL, Susanne. Ancient DNA typing : methods, strategies and applications. Berlin: Springer, 2010, xii, 298. ISBN 9783642077050. info
Výukové metody
Laboratorní cvičení
Metody hodnocení
Odevzdaný protokol, v němž bude uvedeno: - použitý materiál a metody - fotografie analyzovaných vzorků, určení jejich zachovalosti - snímek ELFO produktů PCR, zhodnocení úspěšnosti reakce - elektroforetofram získaných sekvencí - shrnutí získané sekvence - zasazení do historického kontextu (např. mtDNA)
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Poznámka k četnosti výuky: jednou za 14 dní 4 hodiny pro skupinu studentů.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2025.