FB830 Metody strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
3/2/0. 5 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Všeobecné povědomí o středoškolské matematice a geometrii. Goniometrické funkce, matice, vektorová algebra.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Kurz seznámí studenty s teorií a metodami proteinové krystalografie, a kryo-elektronové mikroskopie. Součástí kurzu bude teoretický a počítačový seminář s praktickým předvedením výpočtu struktur z experimentálních dat. Studenti se dozvědí o využití těchto metod pro studium makromolekul a jejich komplexů.
Osnova
  • 1. Úvod, krystaly, symetrie a RTG záření
  • 2. Krystaly a symetrie, teorie rentgenové difrakce
  • 3. Teorie rentgenové difrakce krystaly I.
  • 4. Teorie rentgenové difrakce krystaly II.
  • 5. Intenzita signálu
  • 6. Řešení fázového problému
  • 7. Fáze
  • 8. Anomální rozptyly
  • 9. Molecular Replacement II., Laueho difrakce, zpřesňování strukturního modelu
  • 10. Elektronová mikroskopie biomolekul a jejich komplexů
  • 11.Klasifikace snímků a multivariantní analýza
  • 12. 3D rekonstrukce
Literatura
  • Dennis Sherwood, Jon Cooper: Crystals, X-rays and Proteins: Comprehensive Protein Crystallography, Oxford University Press; 1st Ed., 2015
  • Joseph Goldstein, Dale E. Newbury, David C. Joy, Charles E. Lyman, Patrick Echlin (Author), Eric Lifshin, Linda Sawyer, J.R. Michael: Scanning Electron Microscopy and X-ray Microanalysis: Third Edition 3rd Edition, Springer, 2003
  • Donald E. Sands: Introduction to Crystallography (Dover Books on Chemistry), Dover Publications; Revised ed. 1994
Výukové metody
Účast na přednáškách, cvičení a samostudium (čtení kapitol z učebnice a vypracovávání domácích úkolů).
Metody hodnocení
Vypracování domácích úkolů, závěrečný test
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2020.