PřF BFK Biofyzika
Název anglicky: Biophysics
doktorský kombinovaný se specializací, vyučovací jazyk: čeština čeština
Zahrnut v programu: PřF D-FY_ Fyzika

Informace o studiu

  • Státní doktorská zkouška a obhajoba disertační práce
    Podmínky pro podání přihlášky ke státní doktorské zkoušce:

    Získání nejméně poloviny minimální kreditové hodnoty studia.
    Absolvování všech povinných a povinně volitelných předmětů individuálního studijního plánu prvních čtyř semestrů studia (včetně těch, které bezprostředně související s disertační prací (tyto předměty označí v ISP školitel).
    Úspěšné splnění jazykových požadavků dle čl. 30 odst. 4, písm. c) SaZŘ: angličtina.
    Předložení tezí disertační práce a případného seznamu publikací a konferenčních prezentací jako příloh přihlášky ke státní doktorské zkoušce.

    Státní doktorská zkouška prověřuje rozsah a hloubku uchazečových znalostí problematiky obecné (respektive molekulární, buněčné či biomedicínsky orientované) biofyziky související s tématem disertační práce a jeho schopnost přistupovat tvůrčím způsobem k řešení problémů zejména experimentálního charakteru, od jejich biofyzikální formulace až k interpretačním závěrům. V souladu s tím jsou okruhy zkoušky, spadající tematicky do studované oblasti v rámci individuálních plánů, formulovány pro jednotlivého uchazeče tak, aby tvořily skutečnou nadstavbu magisterského studia.

    Základní okruhy zkoušky:

    1. Molekulární struktura živé hmoty a metody jejího studia na úrovni jednotlivých molekul.
    2. Konformační změny biomakromolekul a metody jejich studia.
    3. Biofyzika procesů na biologických membránách.
    4. Struktura buňky a přehled mikroskopických metod vhodných pro její studium.
    5. Interakce neionizujícího záření s živou hmotou.
    6. Interakce ionizujícího záření s živou hmotou.
    7. Biofyzika biologických systémů a subsystémů dle zaměření disertační práce.

    Součástí státní doktorské zkoušky je rovněž prezentace studenta o problematice a stavu zpracování jeho disertační práce obsažená v tezích disertační práce, přednesená v úvodní části státní doktorské zkoušky v časovém rozsahu cca 20 minut a následná rozprava. Konkrétně formulované otázky spadající do okruhů 1. až 7. obdrží uchazeč nejméně 4 týdny dní před termínem zkoušky, dle ustanovení čl. 32 odst. 4 SaZŘ.

    Požadavky na doktorskou disertační práci

    Práce je zaměřena na vymezení dosud neřešených nebo neuspokojivě řešených problémů v oblasti biofyziky. Předpokládá se, že obsahuje důslednou biofyzikální (tj. fyzikální a biologickou) formulaci těchto problémů a jejich řešení, včetně aplikace v praxi nebo prakticky orientovaném výzkumu. Těžištěm práce je řešení biofyzikální problematiky tématu s původními výsledky na fyzických systémech nebo matematických modelech. Přihláška k obhajobě disertační práce musí být doložena publikačními výstupy odpovídajícími specifikům a standardům oboru a publikačním zvyklostem v dané oblasti. Nepodkročitelnou podmínkou je přiznaný impaktní faktor prvoautorské publikace již vydané nebo přijaté k tisku (s potvrzením od redakce). Je doporučeno, aby časopis, v němž je publikace vydávána, byl řazen do prvního či druhého kvartilu impaktové úrovně v daném oboru.
  • Studijní a výzkumné povinnosti
    Příprava disertační práce probíhá po celou dobu studia a činí minimálně 60% pracovní zátěže. Nejpozději do druhého semestru vytvoří student svůj individuální studijní plán (ISP) a předloží ho ke schválení oborové komisi.
    Nejpozději do třetího roku studia, tj. do konce 6. semestru, student:
    - absolvuje všechny předměty teoretické přípravy (povinné a zvolené po dohodě se školitelem v ISP), tvoří zhruba 20% pracovní zátěže (bod 4 doporučeného ISP) s výjimkou seminářů
    - představí výsledky své práce (přednáška v angličtině) na ústavním semináři (bod 5 ISP)
    - prokáže splnění povinností jazykové kompetence (bod 6 ISP)
    - absolvuje nejméně měsíční stáž v zahraničí. Po dobu zahraniční stáže nemusí navštěvovat semináře ústavu.
    - splní povinnosti spojené s pedagogickým rozvojem, maximálně 10% pracovní zátěže (bod 8 ISP)

    Do konce studia, ideálně do konce standardní doby studia, tj. do konce 8. semestru, student:
    - splní povinnost prezentace na zahraniční konferenci (bod 3 ISP)
    - publikuje své výsledky v mezinárodním vědeckém časopise, tvoří 10% celkové pracovní zátěže (bod 2 ISP)
    - zpracuje disertační práci a předloží žádost o obhajobu disertační práce (body 1 a 2 ISP)
  • Návrh témat disertačních prací a témata obhájených prací
    Studium mikroorganismů pokročilými mikroskopickými a spektroskopickými technikami, Adámková, Kateřina (aktuální téma). Vedoucí: Ing. Vladislav Krzyžánek, Ph.D.

    Utilisation of spectral and time-domain prior knowledge in the quantitative analysis of in vivo magnetic resonance spectroscopy signals, Jablonski, Michal (2018). Vedoucí: Ing. Zenon Starčuk, CSc. (https://is.muni.cz/th/q184v/).

    Využití technik pokročilé konfokální mikroskopie a FRAP analýzy při studiu struktury a dynamiky chromatinu, Řezníčková-Podloučková, Petra (2017). Vedoucí: doc. RNDr. Eva Bártová, Ph.D. (https://is.muni.cz/th/citk9).

    Global proteome analysis of temperature perception in Arabidopsis thaliana and its cross-talk with cytokinin signaling pathway at the proteome response level, Skalák, Jan (2016). Vedoucí: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (https://is.muni.cz/th/xwahp).

    Identifikace a charakterizace proteinů regulovaných rostlinnými hormony cytokininy pomocí hmotnostní spektrometrie, Dyčka, Filip (2012). Vedoucí: Ing. Janette Bobáľová, CSc. (https://is.muni.cz/th/kz5f3).

    Distribution function approach to kinetic study of ligand-receptor interactions by flow cytometry and confocal laser scanning microscopy, Orlova, Darya Yurevna (2012). Vedoucí: doc. RNDr. Stanislav Kozubek, DrSc. (https://is.muni.cz/th/plpip).

Doporučený průchod studijním plánem

Povinné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:F7790Seminář z biofyziky a biofyzikální chemie K. Kubíčekz 2/0/01*8 --
8 kreditů

Volitelné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:FB810Problémy molekulových simulací R. Váchaz 2/0/02 1-
PřF:FB820Strukturní elektronová mikroskopie J. Nováčekzk 2/0/02+2 3-
PřF:FB830Metody strukturní biologie P. Plevkazk 3/2/05+2 3-
PřF:FB840Integrativní strukturní biologie R. Váchazk 2/0/02+2 5-
PřF:FB850Biomolekulární interakce R. Šteflzk 1/0/01+2 4-
PřF:FB860Základní ideje moderní biofyziky K. Kubíčekz 2/0/02 2-
22 kreditů