FB810 Problémy molekulových simulací

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno online.
Vyučující
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C7790 Počítač.chemie a MM I
Frequent use of software for molecular modelling
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
The course is focused on issues (limitations, errors, and artifacts), which has been observed and documented in molecular simulations. The main objective of the course is to provide the students with the ability to:
- learn from the mistakes of others
- understand limitations and errors of parameterizations and simulation conditions
- apply the obtained knowledge to analysis of molecular simulations
Výstupy z učení
Student will be able to:
- understand the origin of the issues of molecular simulations
- analyze simulations for existence of the issues
- identify conditions where the issues can be expected
- learn from the previous mistakes
Osnova
  • 1. Termostaty
  • - letící ledová kostka (Flying ice cube)
  • - Zachování ekvipartičního teorému
  • - oddělené termostaty pro různé částí systému;
  • - stochastické termostaty a dynamika
  • 2. Dalekodosahové interakce
  • - cut off
  • - elektroneutralita systému
  • - dipól v boxu
  • 3. Forcefield
  • - parametrizace
  • - různá mixovací pravidla
  • - polarizační katastrofa
  • - implicitní solvent
  • 4. Externí pole
  • - elektrické perpetum mobile
Výukové metody
Study of the provided literature, presentation and discussion of the issues at the classes
Metody hodnocení
For successful completion is required: attendance at least 80%, active participation in all discussions, presentation of at least two issues and being able to answer the given questions
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2019, podzim 2020.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/FB810