FB810 Problémy molekulových simulací

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C7790 Počítač.chemie a MM I
časté používání molekulového modelování
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.
Osnova
  • 1. Termostaty: Zachování ekvipartičního teorému (letící ledová kostka), Správnost termostatu (kanonický soubor), Oddělené termostaty pro různé částí systému, Stochastické termostaty a dynamika
  • 2. Dalekodosahové interakce: Cut-off, Elektroneutralita systému, Dipól v boxu
  • 3. Forcefield: Parametrizace proteinů, Různá mixovací pravidla, Polarizační katastrofa, Protein voda, Škálovaní nábojů
  • 4. Externí pole: Pohyb nenabitých částic v el. poli
Literatura
  • Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications, Pearson, 2001
  • Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001
Výukové metody
Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Prezentace a diskuze studovaného problému
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2019/FB810