DVOŘÁKOVÁ, Hana, Lucie JEDLIČKOVÁ, Martin KAŠNÝ, Petr BROŽ, Jana ILGOVÁ, Milan GELNAR a Libor MIKEŠ. Transcriptomic analyses of a monogenean: Next-Generation Sequencing techniques in hands of parasitologists. In 22nd Helminthological Days. 2015. ISBN 978-80-7444-032-8.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Transcriptomic analyses of a monogenean: Next-Generation Sequencing techniques in hands of parasitologists.
Autoři DVOŘÁKOVÁ, Hana (203 Česká republika, garant), Lucie JEDLIČKOVÁ (203 Česká republika), Martin KAŠNÝ (203 Česká republika), Petr BROŽ (203 Česká republika), Jana ILGOVÁ (703 Slovensko, domácí), Milan GELNAR (203 Česká republika) a Libor MIKEŠ (203 Česká republika).
Vydání 22nd Helminthological Days, 2015.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Konferenční abstrakt
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14310/15:00080923
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
ISBN 978-80-7444-032-8
Klíčová slova anglicky next-generation sequencing; Monogenea; transcriptome
Změnil Změnila: Mgr. et Mgr. Jana Ilgová, Ph.D., učo 223075. Změněno: 24. 7. 2015 10:04.
Anotace
Next-generation sequencing methods currently represent a robust tool enabling significant enrichment of our knowledge of biological systems at a level which has not been possible ever before. Unfortunately, the transcriptomic/genomic data on members of Monogenea are still extremely limited. Therefore we adopted the NGS techniques to generate a first high quality transcriptome of a representative of blood-feeding monogeneans - Eudiplozoon nipponicum (Diplozoidae: Heteronchoinea), the ectoparasite from the gills of common carp Cyprinus carpio. Using 454 sequencing technology (GS FLX System, Roche), a total of 324 941 reads were generated (average length 423 bp) and assembled into 6910 contigs. The second transcriptome analysis was performed by the MiSeq System (Illumina). A total of 74 823 255 input read pairs, a total of 142 813 all transcripts (median contig length 367 bp) and a total of 119 136 of genes (median contig length 334 bp) were obtained. Currently, the comprehensive bioinformatic analysis is running - the assemblies are in the process of evaluation and a pipeline for annotation of particular genes is being developed. Special attention was paid to peptidases that could be involved in digestion of host´s blood and other biological processes in E. nipponicum.
Návaznosti
GAP506/12/1258, projekt VaVNázev: Interakce hostitel-parazit u krevsajících diplozoidních monogeneí: Výzkum vysoce specializovaných adaptací k parazitismu
Investor: Grantová agentura ČR, Interakce hostitel-parazit u krevsajících diplozoidních monogeneí: Výzkum vysoce specializovaných adaptací k parazitismu
GBP505/12/G112, projekt VaVNázev: ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie
Investor: Grantová agentura ČR, ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie
MUNI/A/1484/2014, interní kód MUNázev: Analýzy diverzity biologických systémů různých úrovní a na různých škálách terestrického a akvatického prostředí (Akronym: BIDA4)
Investor: Masarykova univerzita, Analýzy diverzity biologických systémů různých úrovní a na různých škálách terestrického a akvatického prostředí, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 13. 9. 2024 03:11