Informační systém Masarykovy univerzity 

Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL

česky | in English

DĚD, Tadeáš, David ŠAFRÁNEK, Matej TROJÁK, Matej KLEMENT, Jakub ŠALAGOVIČ a Luboš BRIM. Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL. In Loic Pauleve et al.. The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015. ENTCS 326. Neuveden: Elsevier, 2016. s. 27-49, 23 s. ISSN 1571-0661. doi:10.1016/j.entcs.2016.09.017.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL
Autoři DĚD, Tadeáš (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí), Matej TROJÁK (703 Slovensko, domácí), Matej KLEMENT (703 Slovensko, domácí), Jakub ŠALAGOVIČ (703 Slovensko, domácí) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí).
Vydání ENTCS 326. Neuveden, The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015, od s. 27-49, 23 s. 2016.
Nakladatel Elsevier
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek ve sborníku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/16:00088812
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISSN 1571-0661
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2016.09.017
Klíčová slova anglicky Kappa; Biochemical space; CMP; cyanobacteria processes
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 9. 4. 2017 19:33.
Anotace
Biochemical Space (BCS) has been introduced as a semi-formal notation for reaction networks of biological processes. It provides a concise mapping of mathematical models to their biological description established at a desired level of abstraction. In this paper, we first turn BCS into a completely formal language with rigorously defined semantics by means of a simplified Kappa calculus. On the practical end, we support BCS with translation to BNGL, a well-known practically used rule-based language. Finally, we show the current status of BCS defined for cyanobacteria processes.
Návaznosti
GA15-11089S, projekt VaVNázev: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
VytisknoutZobrazeno: 20. 9. 2017 23:39

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 20. 9. 2017 23:39, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému