Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL

D 2016

Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL

DĚD, Tadeáš; David ŠAFRÁNEK; Matej TROJÁK; Matej KLEMENT; Jakub ŠALAGOVIČ et al.

Základní údaje

Originální název

Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL

Autoři

DĚD, Tadeáš; David ŠAFRÁNEK; Matej TROJÁK; Matej KLEMENT; Jakub ŠALAGOVIČ a Luboš BRIM

Vydání

ENTCS 326. Neuveden, The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015, od s. 27-49, 23 s. 2016

Nakladatel

Elsevier

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/16:00088812

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISSN

Klíčová slova anglicky

Kappa; Biochemical space; CMP; cyanobacteria processes

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 5. 2020 19:19, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Biochemical Space (BCS) has been introduced as a semi-formal notation for reaction networks of biological processes. It provides a concise mapping of mathematical models to their biological description established at a desired level of abstraction. In this paper, we first turn BCS into a completely formal language with rigorously defined semantics by means of a simplified Kappa calculus. On the practical end, we support BCS with translation to BNGL, a well-known practically used rule-based language. Finally, we show the current status of BCS defined for cyanobacteria processes.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV

Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

Citovat

DĚD, Tadeáš; David ŠAFRÁNEK; Matej TROJÁK; Matej KLEMENT; Jakub ŠALAGOVIČ a Luboš BRIM. Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL. Online. In Loic Pauleve et al. The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015. ENTCS 326. Neuveden: Elsevier, 2016, s. 27-49. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.entcs.2016.09.017.

@inproceedings{1377771,
   author = {Děd, Tadeáš and Šafránek, David and Troják, Matej and Klement, Matej and Šalagovič, Jakub and Brim, Luboš},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015},
   doi = {https://doi.org/10.1016/j.entcs.2016.09.017},
   edition = {ENTCS 326},
   editor = {Loic Pauleve et al.},
   keywords = {Kappa; Biochemical space; CMP; cyanobacteria processes},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   pages = {27-49},
   publisher = {Elsevier},
   title = {Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL},
   year = {2016}
}

TY  - CONF
ID  - 1377771
AU  - Děd, Tadeáš - Šafránek, David - Troják, Matej - Klement, Matej - Šalagovič, Jakub - Brim, Luboš
PY  - 2016
TI  - Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL
PB  - Elsevier
CY  - Neuveden
KW  - Kappa
KW  - Biochemical space
KW  - CMP
KW  - cyanobacteria processes
N2  - Biochemical Space (BCS) has been introduced as a semi-formal notation for reaction networks of biological processes. It provides a concise mapping of mathematical models to their biological description established at a desired level of abstraction. In this paper, we first turn BCS into a completely formal language with rigorously defined semantics by means of a simplified Kappa calculus. On the practical end, we support BCS with translation to BNGL, a well-known practically used rule-based language. Finally, we show the current status of BCS defined for cyanobacteria processes.
ER  -

DĚD, Tadeáš; David ŠAFRÁNEK; Matej TROJÁK; Matej KLEMENT; Jakub ŠALAGOVIČ a Luboš BRIM. Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL. Online. In Loic Pauleve et al. \textit{The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015}. ENTCS 326. Neuveden: Elsevier, 2016, s.~27-49. ISSN~1571-0661. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.entcs.2016.09.017.

Přehled o publikaci