Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth
factor 2

J 2018

Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2

DVOŘÁK, Pavel; David BEDNÁŘ; Pavel VAŇÁČEK; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ et al.

Základní údaje

Originální název

Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2

Autoři

Vydání

Biotechnology and Bioengineering, New York, Wiley, 2018, 0006-3592

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

20800 2.8 Environmental biotechnology

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

One Library Wiley

Impakt faktor

Impact factor: 4.260

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/18:00100936

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

computational design; embryonic stem cells; fibroblast growth factor; focused directed evolution; protein engineering; protein stability

Štítky

14110513, NZ, podil, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 30. 4. 2019 08:58, Mgr. Tereza Miškechová

Anotace

V originále

Fibroblast growth factors (FGFs) serve numerous regulatory functions in complex organisms, and their corresponding therapeutic potential is of growing interest to academics and industrial researchers alike. However, applications of these proteins are limited due to their low stability. Here we tackle this problem using a generalizable computer-assisted protein engineering strategy to create a unique modified FGF2 with nine mutations displaying unprecedented stability and uncompromised biological function. The data from the characterization of stabilized FGF2 showed a remarkable prediction potential of in silico methods and provided insight into the unfolding mechanism of the protein. The molecule holds a considerable promise for stem cell research and medical or pharmaceutical applications.

Návaznosti

GA15-23033S, projekt VaV

Název: Úloha sekrece FGF2 ve fyziologii lidských pluripotentních kmenových buněk

Investor: Grantová agentura ČR, Úloha sekrece FGF2 ve fyziologii lidských pluripotentních kmenových buněk

GA16-06096S, projekt VaV

Název: Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

Investor: Grantová agentura ČR, Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

LM2015047, projekt VaV

Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

LM2015051, projekt VaV

Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX RI)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumná infrastruktura RECETOX

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

LM2015085, projekt VaV

Název: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT-SC)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CERIT Scientific Cloud

LO1214, projekt VaV

Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí

Citovat

DVOŘÁK, Pavel; David BEDNÁŘ; Pavel VAŇÁČEK; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Tereza VÁŇOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Pavel KREJČÍ; Zbyněk PROKOP; Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/bit.26531.

@article{1417222,
   author = {Dvořák, Pavel and Bednář, David and Vaňáček, Pavel and Bálek, Lukáš and Eiselleová, Lívia and Štěpánková, Veronika and Šebestová, Eva and Bosáková, Michaela and Konečná, Žaneta and Mazurenko, Stanislav and Kunka, Antonín and Váňová, Tereza and Zoufalová, Karolína and Chaloupková, Radka and Brezovský, Jan and Krejčí, Pavel and Prokop, Zbyněk and Dvořák, Petr and Damborský, Jiří},
   article_location = {New York},
   article_number = {4},
   doi = {https://doi.org/10.1002/bit.26531},
   keywords = {computational design; embryonic stem cells; fibroblast growth factor; focused directed evolution; protein engineering; protein stability},
   language = {eng},
   issn = {0006-3592},
   journal = {Biotechnology and Bioengineering},
   title = {Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2},
   url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/bit.26531},
   volume = {115},
   year = {2018}
}

TY  - JOUR
ID  - 1417222
AU  - Dvořák, Pavel - Bednář, David - Vaňáček, Pavel - Bálek, Lukáš - Eiselleová, Lívia - Štěpánková, Veronika - Šebestová, Eva - Bosáková, Michaela - Konečná, Žaneta - Mazurenko, Stanislav - Kunka, Antonín - Váňová, Tereza - Zoufalová, Karolína - Chaloupková, Radka - Brezovský, Jan - Krejčí, Pavel - Prokop, Zbyněk - Dvořák, Petr - Damborský, Jiří
PY  - 2018
TI  - Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2
JF  - Biotechnology and Bioengineering
VL  - 115
IS  - 4
SP  - 850-862
EP  - 850-862
PB  - Wiley
SN  - 00063592
KW  - computational design
KW  - embryonic stem cells
KW  - fibroblast growth factor
KW  - focused directed evolution
KW  - protein engineering
KW  - protein stability
UR  - https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/bit.26531
L2  - https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/bit.26531
N2  - Fibroblast growth factors (FGFs) serve numerous regulatory functions in complex organisms, and their corresponding therapeutic potential is of growing interest to academics and industrial researchers alike. However, applications of these proteins are limited due to their low stability. Here we tackle this problem using a generalizable computer-assisted protein engineering strategy to create a unique modified FGF2 with nine mutations displaying unprecedented stability and uncompromised biological function. The data from the characterization of stabilized FGF2 showed a remarkable prediction potential of in silico methods and provided insight into the unfolding mechanism of the protein. The molecule holds a considerable promise for stem cell research and medical or pharmaceutical applications.
ER  -

DVOŘÁK, Pavel; David BEDNÁŘ; Pavel VAŇÁČEK; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Tereza VÁŇOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Pavel KREJČÍ; Zbyněk PROKOP; Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. \textit{Biotechnology and Bioengineering}. New York: Wiley, 2018, roč.~115, č.~4, s.~850-862. ISSN~0006-3592. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/bit.26531.

Přehled o publikaci