a 2018

Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)

MRÁZKOVÁ, Jana; Nora MOHLEROVÁ; Jan LOCHMAN; Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ; Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ et al.

Základní údaje

Originální název

Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)

Název česky

Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)

Název anglicky

Using the SNaPshot system for identifying selected single nucleotide polymorphisms in a gene encoding mannose-binding lectin (MBL)

Autoři

Vydání

XIX. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2018

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14110/18:00101362

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

ISBN

978-80-210-9069-9

Klíčová slova česky

SNaPshot; SNP; lektin vázající manózu

Klíčová slova anglicky

SNaPshot; SNP; mannose binding lectin; MBL2
Změněno: 17. 1. 2019 13:02, Mgr. Jana Šístková, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Systém SNaPshot zahrnující několik metodických postupů (PCR, minisekvenační metoda prodloužení jedné báze - SBE, kapilární elektroforéza) je často využíván pro různé aplikace, jako jsou analýza jednonukleotidových polymorfizmů (SNP), metylační analýza nebo fingerprinting. Jedna SNaPshot assay umožňuje identifikovat až 55 SNPs napříč celým genomem. Lidský lektin vázající manózu (MBL) je jedním z mediátorů aktivace komplementu lektinovou cestou, a je tak součástí vrozené imunity. Kombinace alel genu mbl2 determinuje jeho stabilitu, oligomerní stav, schopnost vázat cukerné ligandy, interakci se serinovou proteázou MASP2 a koncentraci v cirkulaci, a to pravděpodobně ovlivňuje náchylnost k různým onemocněním i jejich progresi. Cílem naší studie je navrhnout a optimalizovat techniku využívající SNaPshot assay pro stanovení šesti SNPs v genu mbl2. Jedná se o tři SNPs v exonu 1 na pozicích 52, 54 a 57 (alely D, B a C), o dva SNPs v promotoru 1 na pozicích 550 (varianty H/L) a 221 (varianty X/Y) a o jeden SNP na pozici +4 v 5‘ nepřekládané oblasti (varianty P/Q). Výsledkem této studie bude zavedení originální metodiky, kterou porovnáme s jinými přístupy (sekvenační analýza, PCR s následnou restrikční analýzou). Bude hodnocena korelace koncentrace MBL v séru celkově zdravých osob v závislosti na jejich mbl2 genovém profilu. Technika SNaPshot bude dále využita pro genotypizaci pacientů s vybranými onemocněními dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitida, parodontitida, zubní kaz aj.) a zdravých kontrol k hlubšímu pochopení role MBL v patogenezi těchto onemocnění.

Anglicky

The SNaPshot system, which includes several methodologies (PCR, single-base extension reaction - SBE, capillary electrophoresis), is often used for various applications, such as analysis of single-nucleotide polymorphisms (SNP), methylation analysis or fingerprinting. One SNaPshot assay allows to identify up to 55 SNPs across the entire genome. Human mannose-binding lectin (MBL) is one of the mediators of complement activation via the lectin pathway, and therefore it is a component of innate immunity. The combination of alleles of the mbl2 gene determines stability, oligomeric state, ability to bind sugar ligands, interaction with MASP2 serine protease and concentration in circulation of the protein, and these manifestations probably affect susceptibility to and progression of various diseases. The aim of our study is to design and optimize the SNaPshot assay technique for the determination of six SNPs in the mbl2 gene. These are three SNPs in exon 1 at positions 52, 54 and 57 (alleles D, B and C), two SNPs in the promoter 1 at positions 550 (H / L variants) and 221 (X / Y variants) and one SNP at +4 position in the 5 'untranslated region (P / Q variants). The result of this study will be the introduction of the original methodology, which will be compared with other methods (sequencing analysis, PCR with subsequent restriction analysis). The correlation of MBL in serum of healthy subjects will be evaluated, depending on their mbl2 gene profile. The SNaPshot technique will further be used to genotypise patients with selected oral cavity diseases (recurrent aphthous stomatitis, periodontitis, dental caries, etc.) and healthy controls to deeper understanding of the role of MBL in the pathogenesis of these diseases.

Návaznosti

GB14-37368G, projekt VaV
Název: Centrum orofaciálního vývoje a regenerace
Investor: Grantová agentura ČR, Centrum orofaciálního vývoje a regenerace
MUNI/A/1008/2017, interní kód MU
Název: Etiopatogenetické aspekty, diagnostika a léčba vybraných onemocnění dutiny ústní
Investor: Masarykova univerzita, Etiopatogenetické aspekty, diagnostika a léčba vybraných onemocnění dutiny ústní, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
NV15-29336A, projekt VaV
Název: Změny imunologické reaktivity u pacientů s recidivujícími aftami
NV17-30439A, projekt VaV
Název: Moderní biotechnologické a behaviorální přístupy ve výzkumu zubního kazu a strategie jeho prevence
ROZV/24/LF/2018, interní kód MU
Název: LF - Příspěvek na IP 2108
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, LF - Příspěvek na IP 2108, Interní rozvojové projekty