Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)

MRÁZKOVÁ, Jana, Nora MOHLEROVÁ, Jan LOCHMAN, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ a Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL). In XIX. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2018. ISBN 978-80-210-9069-9.

Základní údaje

• Originální název: Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)
• Název česky: Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)
• Název anglicky: Using the SNaPshot system for identifying selected single nucleotide polymorphisms in a gene encoding mannose-binding lectin (MBL)
• Autoři: MRÁZKOVÁ, Jana (203 Česká republika, domácí), Nora MOHLEROVÁ (203 Česká republika, domácí), Jan LOCHMAN (203 Česká republika, domácí), Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ (203 Česká republika, domácí) a Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: XIX. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2018.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/18:00101362
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• ISBN: 978-80-210-9069-9
• Klíčová slova česky: SNaPshot; SNP; lektin vázající manózu
• Klíčová slova anglicky: SNaPshot; SNP; mannose binding lectin; MBL2

Anotace

Systém SNaPshot zahrnující několik metodických postupů (PCR, minisekvenační metoda prodloužení jedné báze - SBE, kapilární elektroforéza) je často využíván pro různé aplikace, jako jsou analýza jednonukleotidových polymorfizmů (SNP), metylační analýza nebo fingerprinting. Jedna SNaPshot assay umožňuje identifikovat až 55 SNPs napříč celým genomem. Lidský lektin vázající manózu (MBL) je jedním z mediátorů aktivace komplementu lektinovou cestou, a je tak součástí vrozené imunity. Kombinace alel genu mbl2 determinuje jeho stabilitu, oligomerní stav, schopnost vázat cukerné ligandy, interakci se serinovou proteázou MASP2 a koncentraci v cirkulaci, a to pravděpodobně ovlivňuje náchylnost k různým onemocněním i jejich progresi. Cílem naší studie je navrhnout a optimalizovat techniku využívající SNaPshot assay pro stanovení šesti SNPs v genu mbl2. Jedná se o tři SNPs v exonu 1 na pozicích 52, 54 a 57 (alely D, B a C), o dva SNPs v promotoru 1 na pozicích 550 (varianty H/L) a 221 (varianty X/Y) a o jeden SNP na pozici +4 v 5‘ nepřekládané oblasti (varianty P/Q). Výsledkem této studie bude zavedení originální metodiky, kterou porovnáme s jinými přístupy (sekvenační analýza, PCR s následnou restrikční analýzou). Bude hodnocena korelace koncentrace MBL v séru celkově zdravých osob v závislosti na jejich mbl2 genovém profilu. Technika SNaPshot bude dále využita pro genotypizaci pacientů s vybranými onemocněními dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitida, parodontitida, zubní kaz aj.) a zdravých kontrol k hlubšímu pochopení role MBL v patogenezi těchto onemocnění.

Anotace anglicky

The SNaPshot system, which includes several methodologies (PCR, single-base extension reaction - SBE, capillary electrophoresis), is often used for various applications, such as analysis of single-nucleotide polymorphisms (SNP), methylation analysis or fingerprinting. One SNaPshot assay allows to identify up to 55 SNPs across the entire genome. Human mannose-binding lectin (MBL) is one of the mediators of complement activation via the lectin pathway, and therefore it is a component of innate immunity. The combination of alleles of the mbl2 gene determines stability, oligomeric state, ability to bind sugar ligands, interaction with MASP2 serine protease and concentration in circulation of the protein, and these manifestations probably affect susceptibility to and progression of various diseases. The aim of our study is to design and optimize the SNaPshot assay technique for the determination of six SNPs in the mbl2 gene. These are three SNPs in exon 1 at positions 52, 54 and 57 (alleles D, B and C), two SNPs in the promoter 1 at positions 550 (H / L variants) and 221 (X / Y variants) and one SNP at +4 position in the 5 'untranslated region (P / Q variants). The result of this study will be the introduction of the original methodology, which will be compared with other methods (sequencing analysis, PCR with subsequent restriction analysis). The correlation of MBL in serum of healthy subjects will be evaluated, depending on their mbl2 gene profile. The SNaPshot technique will further be used to genotypise patients with selected oral cavity diseases (recurrent aphthous stomatitis, periodontitis, dental caries, etc.) and healthy controls to deeper understanding of the role of MBL in the pathogenesis of these diseases.

Návaznosti

• GB14-37368G, projekt VaV: Název: Centrum orofaciálního vývoje a regenerace

Investor: Grantová agentura ČR, Centrum orofaciálního vývoje a regenerace

• MUNI/A/1008/2017, interní kód MU: Název: Etiopatogenetické aspekty, diagnostika a léčba vybraných onemocnění dutiny ústní

Investor: Masarykova univerzita, Etiopatogenetické aspekty, diagnostika a léčba vybraných onemocnění dutiny ústní, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

• NV15-29336A, projekt VaV: Název: Změny imunologické reaktivity u pacientů s recidivujícími aftami
• NV17-30439A, projekt VaV: Název: Moderní biotechnologické a behaviorální přístupy ve výzkumu zubního kazu a strategie jeho prevence
• ROZV/24/LF/2018, interní kód MU: Název: LF - Příspěvek na IP 2108

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, LF - Příspěvek na IP 2108, Interní rozvojové projekty